lammps教程：不同原子组势能计算方法

大家好，我是小马老师。
本文如何使用lammps命令计算原子组的势能。
模拟吸附、拉拔、界面等过程时，需要计算不同原子组的势能，根据势能差计算吸附能或者界面能。
关于势能计算，lammps只提供了单原子势能计算命令（compute pe/atom)和一个默认的总势能（pe）。
对于不同原子组的势能，可以通过组内原子势能求和的方式得到。
如铜、水润湿体系，分别根据原子类型设置两个原子组：water、cu：

group water type 1 2
group cu type 3

计算每个原子的势能

compute mype all pe/atom

把两个组内的原子势能相加，得到原子的势能，compute reduce sum命令实现单原子量的求和计算。

compute 1 water reduce sum c_mype
compute 2 cu reduce sum c_mype

原子组的势能为标量，可使用thermo命令输出：

thermo 100
thermo_style custom step temp pe c_1 c2

这个方法也可以计算原子组的其它量，如：原子组的动能、电荷、速度、温度等等。

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