lammps教程：薄膜渗透模拟（3）--不同孔隙率对过滤效果的影响

本文是薄膜渗透过滤的最后一篇文章：不同孔隙率薄膜建模。
孔隙或空位缺陷的建模原理比较简单：删除一定数量的原子就可以。
lammps自带delete_atoms可以随机删除一定比例的原子，如果对孔隙或空位的形状、尺寸等有特殊需求，需要用编程的方法删除原子。
delete_atoms porosity命令可随时产生设定比例的原子，如删除50%的原子：

delete_atoms porosity membrane 0.5 482793

membrane为原子组
0.5为删除原子的比例 482793为随机数种子，取任一正整数即可。

初始模型和删除50%原子后的薄膜对比：

模拟结果为：

模拟in文件为：

#编写：Simon Gravelle
boundary    s p p
pair_style  lj/cut 2.5
neigh_modify    every 1 delay 5 check yes
#读取模型文件
read_data   data.lammps
region      right block 0 INF INF INF INF INF
#原子分组
group       solid type 1 2 3
group       piston_right type 3
group       membrane type 2
group       piston_left type 1
group       fluid type 4 5
group       solvent type 4
group       solute type 5
#排除墙原子之间的作用力
neigh_modify    exclude group solid solid
#按比例删除薄膜原子
region        membrane block -0.25 0.25 INF INF INF INF
delete_atoms     porosity membrane 0.5 482793
#温度初始化
velocity    fluid create 1.0 4928459 mom yes rot yes dist gaussian
fix        mynve all nve
compute        temperature_fluid fluid temp
fix        mylgv fluid langevin 1.0 1.0 0.1 1530917 zero yes
fix_modify    mylgv temp temperature_fluid
thermo_modify    temp temperature_fluid
#固定薄膜
fix        mysf1 membrane setforce 0 0 0
fix        mysf2 piston_left setforce NULL 0 0
fix        mysf3 piston_right setforce NULL 0 0
#两侧施加压力
variable    F equal 0.01
fix        myaf1 piston_left aveforce ${F} NULL NULL
fix        myaf2 piston_right aveforce -${F} NULL NULL
#统计过滤后的溶质和溶剂原子数量
variable    solvent_right equal count(solvent,right)
variable    solute_right equal count(solute,right)
variable    position_piston_left equal xcm(piston_left,x)
variable    position_piston_right equal xcm(piston_right,x)
#输出统计记过
fix        myat1 all ave/time 10000 1 10000 v_solvent_right file solvent_right.dat
fix        myat2 all ave/time 10000 1 10000 v_solute_right file solute_right.dat
fix        myat3 all ave/time 10000 1 10000 v_position_piston_left file position_piston_left.dat
fix        myat4 all ave/time 10000 1 10000 v_position_piston_right file position_piston_right.dat
fix        myat5 all ave/time 10 1000 10000 f_mysf1[1] file force_membrane.dat
#输出轨迹文件
dump        mydmp all atom 10000 dump.xyz
thermo        10000
run        5000000

公众号：lammps加油站

lammps教程：薄膜渗透模拟（3）--不同孔隙率对过滤效果的影响相关推荐

lammps教程：实例讲解npt、nvt系综的选择
对于lammps新手来说,系综的选择令人困惑,到底是应该用nvt系综还是npt系综? 我在初学lammps时就被这个问题困扰了很久.如果去问别人,可能会告诉你一个答案:根据模拟需要确定. 其实和没说一 ...
lammps教程：平均值输出fix ave/time命令详解
lammps模拟输出方式有很多,前面几篇文章也介绍过,对于模拟总体系的值一般使用thermo命令输出,而单个原子的变量值使用dump命令输出. 今天主要讨论一下体系量值的输出,使用thermo命令有两 ...
lammps教程：均方位移MSD计算方法介绍
大家好,我是小马老师. 在lammps扩散模拟中,大多需要计算MSD,今天分享一段MSD的代码: compute 1 all msd com yes variable msdx equal c_1[1 ...
lammps教程：lj/cut/coul力场参数设置详解
本文介绍lj/cut/coul/cut以及lj/cut/coul/long力场的区别和用法. 前面一篇文章介绍了LJ势的用法,普通的LJ势只考虑原子之间的吸引力与排斥力,没有考虑原子之间电荷作用. 如 ...
lammps教程：推荐一个不同单位下压强自动转换网站
大家好,我是小马老师. 在进行lammps模拟时,不同units下同一个物理量的单位有所不同. 例如,在metal单位下,压强的单位为bars. 在real单位下,压强的单位为atmospheres. ...
airpak模拟案例,Airpak模拟教程-体育馆通风模拟案例-CFD数值模拟教程airpak
Airpak模拟教程-体育馆通风模拟案例-CFD数值模拟教程airpak Airpak 模拟案例模拟案例 CFD 模拟案例模拟案例体育馆通风案例教程体育馆通风案例教程 1 Airpak 软件中文学习 ...
airpak模拟案例,Airpak模拟教程-体育馆通风模拟案例-CFD数值模拟教程airpak.pdf
Airpak模拟教程-体育馆通风模拟案例-CFD数值模拟教程airpak.pdf Airpak 模拟案例模拟案例 CFD 模拟案例模拟案例体育馆通风案例教程体育馆通风案例教程 1 Airpak 软件 ...
lammps教程：delete_atoms删除原子后原子ID不连续的两种解决方案
大家好,我是小马老师. 使用lammps自带命令建模时,有时候会用delete_atoms命令删除部分原子,但是在删除原子后,lammps并不一定会重新分配原子的ID,造成data文件中的原子ID序号 ...
lammps教程：径向分布函数g(r)的计算与输出方法
大家好,我是小马老师. 本文介绍如何使用lammps计算径向分布函数g®. 径向分布函数(Radial distribution function)是指给定某个粒子的坐标,其他粒子在空间的分布几率. ...

lammps教程：薄膜渗透模拟（3）--不同孔隙率对过滤效果的影响

lammps教程：薄膜渗透模拟（3）--不同孔隙率对过滤效果的影响相关推荐

最新文章

热门文章