宏基因组测序结果分析中的名词汇总
写在前面：小编最近刚入门宏基因组学分析，你是否也像我一样拿到数据一直像无头苍蝇，自己摸索学习的知识也是东拼西凑不成系统，迫切的想发文章却迟迟写不出来？今天小编就来汇总一下，那些宏基因组测序结果中你还不认识的一些名词/分析工具，希望大家能够少走弯路。同是入门小白，欢迎大家一起交流，共同见证成长。
概念
宏基因组学(Metagenomics)，是一种直接对微生物群体中包含的全部基因组信息进行研究的手段。绕过对微生物个体进行分离培养，应用基因组学技术对自然环境中的微生物群落进行研究的一门学科。更真实的反应样本中微生物组成、互作情况，同时在分子水平对其代谢通路、基因功能进行研究。
OTU：operat ional taxonomic units，在生物学分析中是指操作分类单元。分类单元（taxon，复数taxa）是分类工作中的客观操作单位，有特定的名称和分类特征，是指具体的分类群。如一个具体的属、一个具体的科、一个具体的目等。
reads：是高通量测序中一个反应获得的测序序列。在高通量测序仪中产生的测序数据，对整个基因组进行测序，就会产生成百上千万的reads（一小段短的测序片段也就是一连串的碱基）。
KneadData是一款宏基因组和宏转录组测序数据质控的流程，其主要功能包括使用Trimmomatic序列质控，bowtie2比对至对应数据库基因组去除宿主等序列。（KneadData前和KneadData后，会用FastQC来检测质控合理性和效果。）
FastQC是一款依赖Java环境的高通量序列数据的质量控制工具，目的是为高通量测序的原始序列数据提供一种简单的质量控制检查方法。它提供了一组模块化的分析，在后续分析前，快速了解数据是否存在任何问题。
kraken是基于k-mer精确比对，并采用最LCA投票结果快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件。详细请戳——Kraken2
Bracken是一种高度精确的统计方法，可从宏基因组学样本计算DNA序列中物种的丰度（对物种注释结果计算相对丰度）。Braken使用Kraken2分配的分类标签来估计源自样本中每种物种的读数数量。
InsertSize是在建库切胶时选择的长度，合适的InsertSize能避免测序接头污染。
ANCOM(Analysis of composition of microbiomes)：是一种比较微生物组学数据中物种在组间的显著性差异的分析方法。
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