biopython--PDB.polypepide
Bio.PDB.Polypeptide.index_to_one(index):
已知氨基酸索引,获得索引对应的氨基酸简写
>>> index_to_one(0) 'A' >>> index_to_one(19) 'Y'
Bio.PDB.Polypeptide.one_to_index(s):
已知氨基酸简写,获得氨基酸的索引
>>> one_to_index('A') 0 >>> one_to_index('Y') 19
Bio.PDB.Polypeptide.index_to_three(i)
索引对应的三个字母的氨基酸名称。
>>> index_to_three(0) 'ALA' >>> index_to_three(19) 'TYR'
Bio.PDB.Polypeptide.three_to_index(s)
索引的三个字母代码。
>>> three_to_index('ALA') 0 >>> three_to_index('TYR') 19
Bio.PDB.Polypeptide.three_to_one(s)
三个字母代码对应一个字母代码。
>>> three_to_one('ALA') 'A' >>> three_to_one('TYR') 'Y'
对于非标准氨基酸,您会得到一个KeyError:
>>> three_to_one('MSE') Traceback (most recent call last):... KeyError: 'MSE'
Bio.PDB.Polypeptide.one_to_three(s)
一个字母代码到三个字母代码。
>>> one_to_three('A') 'ALA' >>> one_to_three('Y') 'TYR'
Bio.PDB.Polypeptide.is_aa(residue, standard=False)
如果残基对象/字符串是氨基酸,则返回True。
参数:
residue (L{Residue} or string) -- L{残基}对象或三个字母的氨基酸编码
standard (boolean) -- 检查20个AA的标志(默认值为FALSE)
>>> is_aa('ALA') True
支持已知的用于修饰氨基酸的三个字母代码,
>>> is_aa('FME') True >>> is_aa('FME', standard=True) False
简单处理蛋白质的所用到的就是这些!!!
日后有用到别的继续补充!!:):)
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