使用python(Biopandas和Biopython)对蛋白质结构文件PDB进行修改
使用python(Biopandas)对蛋白质结构文件PDB进行修改
所需环境
python3.x
biopandas
biopython
读取PDB
读取PDB
from biopandas.pdb import PandasPdbfile = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb').df['ATOM']
print(file.head())
from biopandas.pdb import PandasPdbfile = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb').df['ATOM']
print(file.head())
显示:
查看PDB文件各列标题
print(file.columns)
print(file.columns)
显示
将第一个原子的B-factor列补入计算值
假定计算为1.2
和pandas操作一样:
file.loc[0,'b_factor'] = 1.2
file.loc[0,'b_factor'] = 1.2
保存PDB
注意是替换
raw = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb')
raw.df['ATOM'] = file
raw.to_pdb('changed.pdb',append_newline=True)
raw = PandasPdb().read_pdb('1AUW.pdb')
raw.df['ATOM'] = file
raw.to_pdb('changed.pdb',append_newline=True)
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