python中利用biopython和dssp提取pdb文件中的二级结构

以CASP11数据集为例，选取domain中的pdb数据作为转换：

在python中，安装biopython包和dssp包

pip3 install biopython
conda install -c salilab dssp

python脚本如下，可以提取所有sequence和ss的信息到同一个文档：

from Bio.PDB import DSSP, PDBParser
import osdir='/***/casp11.domains/'
list=os.listdir('/***/casp11.domains')
#print(list)for i in list:print(i)l=dir+ip = PDBParser()structure = p.get_structure("Model", l)model = structure[0]dssp = DSSP(model, l)for row in dssp:with open("/***/sscasp11.txt","a") as q:#print(row[1：3])q.write(str(row[1:3]))

内容部分来自并请参考：https://www.jianshu.com/p/dff074e8f321
官方界面：https://anaconda.org/salilab/dssp

python中利用biopython和dssp提取pdb文件中的二级结构相关推荐

Python脚本工具，PyMuPDF批量提取PDF文件中的图片
如何批量快速提取出PDF中的图片文件,你是否遇到这样的一个问题,尤其是PPT文件转换为PDF文件,需要快速提取其中的图片文件,如果你恰好会那么一点py,同时复制粘贴没问题的话,那么相信你也能够很轻松的 ...
ajax从mysql提取数据在html中_Python骚操作，提取pdf文件中的表格数据！
在实际研究中,我们经常需要获取大量数据,而这些数据很大一部分以pdf表格的形式呈现,如公司年报.发行上市公告等.面对如此多的数据表格,采用手工复制黏贴的方式显然并不可取.那么如何才能高效提取出pdf文 ...
AndroidStudio中利用openFileOutput将数据保存在文件中，利用openFileInput读取文件中的数据
一.要实现的功能将输入框中的数据保存到指定文件名的文件中,实现数据的持久化:如果数据已经保存了,活动下次再启动的时候,就将保存在文件中的数据读取出来,显示在输入框中. 二.基本知识利用活动生命周期 ...
在python平台上利用pymol来查找PDB文件中蛋白质的相互作用位点
这篇代码写的可能有点问题,大家如果有需要,去看另一篇吧.如果有啥不足,请批评指正. 在python平台上利用pymol来查找PDB文件中蛋白质的相互作用位点关于蛋白质结合位点,查阅了很多篇文献,大多 ...
Python工具源码，Python批量提取PPT文件中的图片
在办公场景当中,同样也有这样一个需求,那就是快速批量把PPT文件中的图片提取出来,毕竟一个个点击另存为太过于繁琐,以及耗费时间,前面本渣渣分享过如何应用Python批量提取PDF文件中的图片,而这一篇 ...
Tips--利用shell脚本批量提取txt文件中任意字段
利用shell脚本批量提取txt文件中任意字段前言 0. 一个例子 1. cat命令 2. '|'符号与'>'符号 3. grep命令 4. awk命令前言对于测试中出现的log,我们经常 ...
利用Python提取PDF文件中的文本信息
如何利用Python提取PDF文件中的文本信息日常工作中我们经常会用到pdf格式的文件,大多数情况下是浏览或者编辑pdf信息,但有时候需要提取pdf中的文本,如果是单个文件的话还可以通过复制粘贴来直 ...
利用python中pdfplumber库提取PDF文件中文字
pdfplumber库中提供了一个extract_text()方法来帮助我们提取PDF文件中的文字.我们只需要使用pdfplumber中的open()方法打开我们希望提取文字的PDF文件,然后对所需提 ...
python读json文件中不同的数据类型_怎么使用python提取json文件中的字段
python中为什么用json有什么作用 python的json模块中如何将变量添加到里面 python的json模块第一个是要打开的文件,第二个是打开的操作,为什么会如果你早认清你在别人心中没那么重 ...

python中利用biopython和dssp提取pdb文件中的二级结构

python中利用biopython和dssp提取pdb文件中的二级结构相关推荐

最新文章

热门文章