RDKit入门与进阶教程(30篇)
RDKit
RDKit是用C ++和Python编写的化学信息学和机器学习软件集。
项目包含:
BSD许可证 - 开源的商业友好许可证
核心数据结构和算法C++编写
使用Boost.Python生成的Python 3.x包装器
使用SWIG生成的Java和C#包装器
2D和3D分子操作
用于机器学习的描述符和指纹生成
用于PostgreSQL的分子数据库 cartridge ,支持子结构和相似性搜索以及许多描述符
KNIME的化学信息学节点
Contrib文件夹中包含有用的利用RDKit强大功能的社区贡献软件
RDkit Tutorial
RDKit:计算不同小分子构象之间的RMSD
聚类小分子数据集(基于RDKit的Python脚本)
基于RDKit的Python脚本:SDF格式转SMILES格式
RDKit:运用RDKit计算USRCAT(形状相似性)
RDKit:可视化药效团(Pharmacophore)
基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型
RDKit:化合物骨架分析
RDKit:化合物相似性搜索
基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型
基于机器学习的化合物活性预测模型
RDKit:化合物亚结构(Substructure)搜索
基于神经网络的溶解度预测和回归分析
基于RDKit探索DrugBank(demo)
基于随机森林的化合物活性二分类模型
RDKit支持PostgreSQL配置
RDKit:基于支持向量回归(SVR)预测logP
基于随机森林(RF)的机器学习模型预测hERG阻断剂活性
RDkit&mol2vec :靶标抑制剂活性二分类模型对比
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