适用于Linux命令的10个R函数
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这篇文章将介绍 10 个不同的 Linux 命令及其 R 实现方法。 如果您有兴趣学习更多 R 函数来处理文件的方法,请参考《R: HOW TO CREATE, DELETE, MOVE, AND MORE WITH FILES》。
列出目录中的所有文件
R 实现:
list.files("/path/to/directory")list.files("/path/to/do/directory", recursive = TRUE)
# search for files containing "something" in their namelist.files("/path/to/do/directory", pattern = "something")
# search for all CSV fileslist.files("/path/to/do/directory", pattern = ".csv")
Linux 实现:
ls /path/to/directoryls -R /path/to/directory
# search for files containing "something" in their namels /path/to/directory | grep "something"
# search for all CSV filesls /path/to/directory | grep ".csv"
获取文件前几行记录
R 实现:
# let df be a data framehead(df)head(df, 10)
Linux 实现:
head -6 some_file.txthead -10 some_file.txt
获取当前目录
R 实现:
getwd()
Linux 实现:
pwd
更改目录
R 实现:
setwd("/path/to/new/directory")
Linux 实现:
cd /path/to/new/directory
统计目录中的文件数
R 实现:
length(list.files("/path/to/some/directory"))
Linux 实现:
ls -1 | wc -l
检查文件权限
R 实现:
file.info("/path/to/directory/file.txt")
file.info 返回除文件权限之外的文件的其他信息,包括大小,创建时间,上次修改时间和上次访问时间。 如果您只想获得该文件的权限,请运行以下命令:
file.info("/path/to/directory/file.txt")$mode
权限以八进制(octal)形式返回; 将此八进制结果转换为读/写等功能,请参阅此链接。其实也就是 Linux 中的 rwx 权限。
Linux 实现:
ls -l /path/to/directory/file.txt
创建新目录
R 实现:
# create folder in current directorydir.create("new_folder")
# create folder in different directorydir.create("/path/to/new_directory")
Linux 实现:
# create folder in current directorymkdir new_folder
# create folder in different directorymkdir /path/to/new_directory
创建新文件
R 实现:
# create a file in current directoryfile.create("new_file.txt")
# create file in different directoryfile.create("/path/to/directory/new_file.txt")
Linux 实现:
# create a file in current directorytouch new_file.txt
# create file in different directorytouch /path/to/directory/new_file.txt
计算文件中的行数,单词数和字符数
虽然使用 base R 也可以获得文件中的行数,字数和字符数,但使用 hyperSpec 程序包可以更简单。
# R 中安装 hyperSpec 包install.packages("hyperSpec")
运行下面的代码行将打印出一个数据框,其中包含输入文件中的字符,单词和行数。 同样,Linux wc 命令将打印出文件的相同信息。
R 实现:
library(hyperSpec)wc("/path/to/directory/file.txt")
Linux 实现:
wc /path/to/directory/file.txt
文件拷贝
R 实现:
# copy file.txt to new_directoryfile.copy("/path/to/directory/file.txt", "/path/to/new_directory")
Linux 实现:
# option 1cp /path/to/directory/file.txt /path/to/new_directory
# option 2cp /path/to/directory/file.txt /path/to/new_directory/file.txt
本文分享自微信公众号 - 生信科技爱好者(bioitee)。
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