宏基因组理论教程2扩增子分析
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但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。
对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。
教程大纲
- 简介-定义、方法和数据库
- 扩增子-微生物群落多样性
- PICRUSt-16S预测功能基因
- 宏基因组分类学-分类和分箱
- 宏基因组功能-数据库与通路
- 宏转录组-数据、分类学和功能
- 生物标记挖掘
同时我们还分享整套最新中文教程的PPT，方便大家学习、记录笔记和提取有用的素材。
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PCR产物必须进行电泳选择，因产生长度范围大，超范围也主要为非目的片段，片段选择即是去除杂质的过程，又是测序仪最好片段长度范围较等长的需要。
质控不要多想，默认即可。一般只有质量差，但还想使用数据，才需要调整。
如早期cd-hit主要基于长度挑选，
RDP方法比较经典，分析结果较好。适合细菌分类，有在线版本，适合与RDP数据库一起使用，版本为trainset16。
BLAST在真菌注释中使用较多，一般配合UNITE；
sintax是usearch10的方法，我使用较多。比较喜欢用新方法。肯定有好的地方，且作者也是与旧方法做了大量比较的。
数据库是动态变化的。RDP最适中，green最少最准，silva最全错误也最多。
小提示: 仅有11%的己知人类相关物种，且相似度仅有95%-98.7% 16S rRNA 的一致性(Tamisier et al, IJSEM, 2015)
Muscle也是usearch作者的另一个作品，引用超2万次。特点是快
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写在后面
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