circPrimer:环状RNA注释和引物设计工具

2024-06-01 20:59:38

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根据RNA_seq数据预测环状RNA的软件很多，但是提供环状RNA注释的工具比较少。circPrimer是一款能够进行环状RNA注释的软件, 输入环状RNA的基因组位置，可以确定其来源基因，提取基因组和转录本序列，并设计引物用于验证环状RNA,网址如下

http://www.bioinf.com.cn/

该软件提供了图形界面，操作简便，经典的应用场景如下

1. 环状RNA注释

如下所示，输入环状RNA的基因组区域，点击Annotate按钮，可以查看环状RNA的来源基因和序列构成

选择对应的基因组版本，通过circRNA SEQ可以提取环状RNA对应的DNA/RNA序列。也支持输入circBase中的环状RNA ID或者来源基因gene symbol, 此时点击circBase按钮，会从该数据库中检索，并在右侧面板给出对应的环状RNA结果。

2. 环状RNA可视化

鼠标点击检索出的环状RNA，可以看到如下所示的可视化结果

3. 设计PCR引物

得到RNA序列之后，勾选Divergent primer和check primer单选框，可以查看对应的引物序列，结果如下所示

图形界面的工具，操作更加简便，缺点就是只适用于human这个物种的环状RNA注释。

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