dpabi viewer使用

最近写文章用到了dpabi里的viewer，记录一下自己用到的功能。
之前用过REST里的viewer，但是个人感觉不太好用，首先REST对matlab的版本有要求，不能太高，matlab2012才可以，matlab2015都不行。再一个，REST需要自己选择under lay的结构图，dpabi的是已经指定了ch2.nii了，比较方便。

1.在matlab里输入dpabi，再选择viewer就可以看到以下界面。

2.在overlay那里选择自己想要看或者处理的图像。点击三个点就可以看到下面这个界面，然后进行选择。这里共列出了5个选择框，就是说你可以最多同时选择5个图像，单个看或者同时看都是可以的，我习惯了一个一个选择。

3.我是拿来看VBM后的双样本t检验得到的T图。选择spmT_0001.nii就可以看到下图。

4.dpabi_viewer的功能还是很强大的，我这里用到了以下几个：

4.1 GRF校正。在cluster那里下拉选项里可以找到GRF，点进去就可以进行GRF校正。

GRF校正我是没有选mask，选择voxel p value 0.001,cluster p value 0.01，two tailed，这里的阈值可以按照自己参考文献里的选就行了，或者自己选择合适的。选择完成后，compute就可以了。

**4.2 set cluster size。**这里可以选择你想要设置的体素簇大小，20以上，等等。这个比较简单，输入数字就好了。
4.3 save all clusters。因为我还想把经过GRF校正后的T图用brain net viewer看一下，所以可以把现在经过校正和设置体素簇大小后的T图保存下来，这里就要选择save all clusters。

就会得到两个图像，分别是xxx.nii和xxx_mask.nii。使用brain net viewer看的时候，为了看到激活程度，要选择xxx.nii。

这里注意，dpabi_viewer本身是关联了很多其余的工具箱的，所以在后面那个more选项里可以直接使用brainnet viewer看到经过校正的图。但是这里brainnet的surface file不是我常用的那个，所以就没有使用这个功能。

4.4 cluster report。为了得到激活脑区的具体信息，可以使用report功能报告一下。

这里dpabi_viewer提供了两种，一个是采用了xjview的报告方式，比较详细的报告脑区的信息，如下图。

还有另一种是new cluster report。比较简便，但没有报告出具体脑区。

目前我用到了这几个功能，还有些比较简单就不说了，比如FDR校正和save single cluster等，其他的后面继续学习。

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