R Packages for GWAS and GS
rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance)
BLR(功能加强BGLR,目前不支持R 3.0版本)
synbreed(synbreedData)
randomForest
lme4:基本线性模型
genetics
QTLRel
GenABEL
snpStats(在bioconductor中)
GeneticsPed(在bioconductor中): calculation of genetic relatedness/relationship between individuals in the pedigree
SNPassoc
hglm
MCMCglmm
pedigree
pedantics
pedigreemm
multic(没有Windows版)
gwerAM
doBy:基本统计量(分组计算)
ipred:error rate estimation, a unified interface to several re-sampling based estimators.
e1071:SVM
mlr:machine learning in R
GEMMA:Genome-wide Efficient Mixed Model Association
Machine Learning & Statistical Learning
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提示信息 Show in New Window Error in install.packages : Updating loaded packages WARNING: Rtools is requ ...
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- Rtools is required to build R packages but is not currently installed
不多说了,直接看视频 R语言安装(window系统) 图文 https://zhuanlan.zhihu.com/p/146289185
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