跟着Cell学作图| 11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)
“实践是检验真理的唯一标准。”
“复现是学习生信的最好办法。”
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032
这篇2020年发表在cell
上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中同一个软件(IPA)做的两张图。
注:
因为IPA是付费的,有的学校或者单位可能也没有,所以本来没打算讲的。不过这几天后台很多私信说想知道这两张图怎么做的,今天就简单写一下~
1IPA
IPA(Ingenuity Pathway Analysis,通路分析软件)是一款基于云计算的图形化界面生物信息学软件,能够从生物学通路角度将组学数据进行分析、整合和理解,适用于转录组学、蛋白质组学、代谢组学等大数据分析,也适用于一些产生基因、化学物质列表的小规模实验。组学数据分析结果主要有经典通路、上游转录调控、下游调控子效应、疾病与功能以及分子间相互作用网络这5个结果。
经典通路分析
最大的优势是能根据上传数据中的分子上下调来预测通路的激活/抑制,然后还能预测整个通路被激活后的变化趋势,如上图C.蓝色的柱子表示对应的通路被抑制,橙色的为激活.
分子间相互作用网络
不同于string的network分析,IPA的network分析按照功能能分析的,并且还会对network网络进行打分。在上图B中红色和绿色节点分别表示上调和下调的分子,白色节点表示在我们的数据集中没有检测到的分子。
2绘制
数据格式
导入数据并做图
挑选并导出结果
写在后面:
本系列重在复现,所以有些细节可能讲的不是很详细。大家有问题可以后台私信,或者在我的B站:
木舟笔记
进行互动!制作不易,希望大家多多点赞在看
!
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