跟着Cell学作图 | 12.韦恩图(Vennerable包)
“实践是检验真理的唯一标准。”
“复现是学习生信的最好办法。”
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032
这篇2020年发表在cell
上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Figure
:Venn diagrams
。
1韦恩图
维恩图(Venn diagram),或译Venn图、文氏图、温氏图、韦恩图,是在所谓的集合论或者类的理论数学分支中,在不太严格的意义下用以表示集合(或类)的一种草图。维恩图是科研文章中最常见的图形了,可以表示多个数据集之间的交互作用。
因为常用,所以有非常多的工具。如,
在线网站
VENN DIAGRAMS(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)
Venny2.1(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)
BioVenn(http://www.biovenn.nl/)
DeepVenn(http://www.deepvenn.com/)
常用R包
VennDiagram
ggvenn
ggVennDiagram
等等。
大家根据需要,挑选自己喜欢的工具即可。本教程中,我将会使用Vennerable
进行绘制。
2绘制
值得注意的是本图中的圆圈大小与个数是成比例的,而不是等圆。
BiocManager::install("RBGL") #安装依赖包
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") #安装Vennerable包
library(Vennerable) #加载
data(StemCell) #使用内置的数据集
str(StemCell)
Vstem <- Venn(StemCell)
Vstem3<-Vstem[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
plot(Vstem3, doWeights = TRUE)
导出pdf
或svg
格式图片,简单经过AI(Adobe Illustrator)
加工后,出图。
写在后面:
本系列重在复现,所以有些细节可能讲的不是很详细。大家有问题可以后台私信,或者在我的B站:
木舟笔记
进行互动!制作不易,希望大家点赞
、在看
!
3往期内容:
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