如何做蛋白质互作网络图

使用String数据库，可以做做蛋白质互作网络图。String数据库（https://string-db.org/）是目前数据量最丰富、应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一。目前，String数据库已更新到Version 11.5版本。收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用，也包括间接的功能相关性。

String数据库使用方法

1、查询特定蛋白的互作信息

A、打开STRING数据库（https://string-db.org）

B、点击“Search”。选择“Protein by name”，输入目标蛋白或者基因名称

C、在“Organism”中选择指定物种

D、点击“SEARCH”进入分析。

以AGO2蛋白为例，下图展示了AGO2的主要的相关蛋白。

2、多个蛋白进行互作分析

A、选择“Multiple proteins”，输入蛋白名称（或上传文件）。

B、选择对应物种

C、点search进行分析

检索结果

上图中的圆圈代表蛋白，有些圆圈内部有螺旋状的三维结构，代表该蛋白的结构已知，如果是未知结构的蛋白，圆圈内部为空。节点之间的连线表示蛋白之间的相互作用，不同颜色对应不同的相互作用类型，既包括实验验证的，也包括数据预测的，具体作用类型可以点击Legend查看。

可以在Settings中进行自主设置，例如可选需要展示的相互作用类型（实验验证、文本挖掘等），或者根据互作得分过滤掉可信度低的互作关系。

最后可以对互作网络结果进行导出，点击“Exports”，选择需要下载的数据即可。

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