ncbi和ensembl上的序列下载

根据已有的基因ID，需要从ncbi和ensembl上下载对应序列。使用语言：python3

从ncbi上下载序列的话，python有一个对应的包，好像是ncbi官方支持的，就叫biopython，省去了去ncbi里找API。官方提供的是 https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi，附说明链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#chapter4.EFetch
但是ensembl似乎没有支持的包，所以只能通过官方的API接口，叫rest，里面提供了各式各样的接口服务。(有关exon的信息在lookup的接口里)。

（另注：不知什么原因，代码最好在上午10点之前运行，这样就不会有问题；其他时间均会有问题。哭了）

时隔多年，发现其实有个更简单的方法，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?，但这个只能是小批量的

ncbi和ensembl上的序列下载相关推荐

用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列
用NCBI的工具Batch Entrez批量下载序列 Batch Entrez网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez
【python】从Ensembl上，根据Array HumanMethylation450甲基化探针cg编号（比如cg13788592）获取位置
文章目录 1. 写在前面 2. 手动查找和探索过程从UCSC查找从Ensembl查找 3. 代码实现 1. 写在前面一篇专利 1 中提到多种癌种及对应的特异性CpG位点,想获取对应cg位点具体的 ...
WSE3.0构建Web服务安全(4):MTOM消息传输优化和文件上传、下载
MTOM消息优化传输机制主要应用于大量数据的传输,很多文章中也直接得出结论:使用MTOM文件传输效率高.为什么MTOM的数据传输效率会比别的方式要高?MTOM真的如此完美吗,它有什么不足?什么情况下使 ...
YUV测试序列下载地址
1.http://www.tkn.tu-berlin.de/research/vid/(此网站已经移走,正在寻找.) CIF: Akiyo.Bridge (far) .Bridge (close) . ...
视频测试序列下载：YUV文件
1.http://www.tkn.tu-berlin.de/research/vid/(此网站已经移走,正在寻找.) CIF: Akiyo.Bridge (far) .Bridge (close) . ...
gff文件_根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列：先反向互补染色体再截取？还是先截取区间再反向互补序列？...
最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...
java webservice下载文件,CXF webservice 上传以及下载文件
[实例简介] CXF是支持对附件上传的协议MTOM. MTOM(SOAP Message Transmission Optimization Mechanism)SOAP 消息传输优化机制,可以在SO ...
根据gff/gtf等注释文件取负链上的序列：先反向互补染色体再截取？还是先截取区间再反向互补序列？
最近需要根据注释文件在基因组上截取序列,突然想到一个问题:对于下面这样在负链上的基因,我们是先将整条染色体反向互补再截取对应区间?还是先截取对应区间再反向互补呢? 首先亮出答案:先截取区间,再反向互补 ...
Angular 文件上传与下载
Angular文件上传与下载文件上传方式1 使用NG ZORRO中的组件. 文件下载方式1 直接下载方式2 通过HTTP请求后端数据的方式进行下载文件上传方式1 使用NG ZORRO中的组 ...
Linux 中 3 个文件打包上传和下载相关命令详解
tar 命令通过 SSH 访问服务器,难免会要用到压缩,解压缩,打包,解包等,这时候tar 命令就是必不可少的一个功能强大的工具.Linux 中最流行的tar是麻雀虽小,五脏俱全,功能强大. 使用t ...

ncbi和ensembl上的序列下载

ncbi和ensembl上的序列下载相关推荐

最新文章

热门文章