linux环境下blastn命令怎么用,Linux下BLAST的安装与使用
8种机械键盘轴体对比
本人程序员,要买一个写代码的键盘,请问红轴和茶轴怎么选?
原本计划对几个亚洲棉基因进行blast比对寻找在陆地棉中的同源基因,但是服务器抽风了,导致计划被打乱,不过刚好也乘此机会学习和总结一下BLAST+的安装和使用。
本文实测环境为Linux64位系统。
##1.安装配置BLAST+
首先是下载进程,wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
对文档解压tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz
为了方便管理,更喜欢将其移至我的本地安装目录中mv ncbi-blast-2.2.30+ ~/local/app/ # 移动
cd ~/local/app/ # 进入本地进程安装路径
mv ncbi-blast-2.2.30+ blast # 修改目录名
这样就安装到我平时安装本地软件的文档夹里了,当然和其他软件的安装方法一样,你需要将blast+的路径加入到环境变量中,方便以后的调取。echo "export PATH=/db/home/shenwei/local/app/blast/bin:$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
现在一切安装工作已经就绪了
##2.配置本地的BLAST库
为了方便大批量的比对工作,提高工作效率,本地化库是个很好的方法。
建立并编辑BLAST全局配置文档[[email protected] ~]$ cat .ncbirc #内容如下
[BLAST]
BLASTDB=/home/hsi/blast/db
这样配置的好处在于以后调用库的时候不需要写绝对路径,只输入名称就可以。
##3.准备库文档
因为我本地文档夹中有一套fastq格式的基因组序列,所以我直接就用本地文档,不再去下载了,这一部分就不再包括如何下载,如何更新的内容了。
FAST格式的文档不能作为库直接用于本地的blast,必须要利用makeblastdb进行格式化makeblastdb -in input_db -dbtype nucl -parse_seqids -out dbname
-in: 后加输入文档
-dbtype: 代表数据库的类型,nucl是核酸类型,prot是蛋白质类型
如果该库需要经常使用,可将库文档移到前面配置的库文档的目录,今后在其它目录运行blast的时候,便可直接输入库名(不用输入绝对路径),直接使用。mv dbname.* ~/data/blast
##4.执行BLASTblastn -query test.fa -db nt -outfmt 6 -evalue 1e-5 -out "[email protected]" -num_threads 8
参数说明:
-query: 输入文档路径及文档名
-out:输出文档路径及文档名
-db:格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt:输出文档格式,总共有12种格式,6对应的是blast的m8格式
-evalue:设置输出结果的e-value值
-num_descriptions:tabular格式输出结果的条数
-num_threads:线程数
结果文档解读:
进行Blast+比对,用参数-outfmt 6可以以列表的方式输出结果,结果中从左到右每一列的意义分别是:
[00] Query id
[01] Subject id
[02] % identity
[03] alignment length
[04] mismatches
[05] gap openings
[06] q. start
[07] q. end
[08] s. start
[09] s. end
[10] e-value
[11] bit score
核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx)
与上面的blastp用法类似:blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
linux环境下blastn命令怎么用,Linux下BLAST的安装与使用相关推荐
- linux环境下blastn命令怎么用,Linux环境下通配符及特殊符号使用详解
Linux环境下通配符及特殊符号使用详解 我们现在来介绍通配符的使用,通过通配符的过滤,快速找到想找的文件和目录,比如/etc/目录下有上千个目录和文件,不使用通配符想找一个目录和文件是非常麻烦的和花 ...
- linux环境下ps命令行,Linux下ps命令详解 Linux下ps命令的详细使用方法
Linux下ps命令详解 Linux上进程有5种状态:1. 运行(正在运行或在运行队列中等待) 2. 中断(休眠中, 受阻, 在等待某个条件的形成或接受到信号) 3. 不可中断(收到信号不唤醒和不可运 ...
- oracle存储tar,Linux环境使用TAR命令快速部署安装Oracle
Linux环境使用tar命令可以实现快速部署和安装Oracle的目的,当然,前提是您手中已经有了一份被您精心调优后的数据库tar包,此后, Linux环境使用tar命令可以实现快速部署和安装Oracl ...
- linux环境用tar报错,Linux环境使用TAR命令快速部署安装Oracle
Linux环境使用tar命令可以实现快速部署和安装Oracle的目的,当然,前提是您手中已经有了一份被您精心调优后的数据库tar包,此后,您就可以使用解tar的方式在其他的服务器上进行快速部署安装了. ...
- 查看Linux系统架构的命令,查看linux系统是哪种架构:AMD、ARM、x86、x86_64、pcc 或 查看Ubuntu的版本号
欢迎大家关注笔者,你的关注是我持续更博的最大动力 原创文章,转载告知,盗版必究 查看Linux系统架构的命令,查看linux系统是哪种架构:AMD.ARM.x86.x86_64.pcc 文章目录: 1 ...
- linux环境对apk文件写入数据,Linux下7zip命令apk中插入文件标识渠道批量打包
项目需要:需要对某个包分包,对渠道和下面的包做标记,但又不改变原包的签名,想到在原apk中插入某个带渠道号和包号的文件,服务器Linux环境,采用7zip 压缩格式解压,打包,插入文件到apk解压后的 ...
- linux中的ps fx命令,Linux下ps命令详解 Linux下ps命令的详细使用方法
Linux下ps命令详解 1. 运行(正在运行或在运行队列中等待) 2. 中断(休眠中, 受阻, 在等待某个条件的形成或接受到信号) 3. 不可中断(收到信号不唤醒和不可运行, 进程必须等待直到有中断 ...
- linux下awk命令详解,Linux文件处理awk命令-linux awk命令详解-嗨客网
Linux文件处理awk命令详解教程 Linux awk命令说明 awk 是一个强大的文本分析工具,相对于 awk 有 3 个不同版本: awk.nawk 和 gawk,未作特别说明,一般指 gawk ...
- linux怎么把mysql命令加入到bin下,mysql安装命令 Mysql安装好后怎么进入命令行界面?...
windows怎样命令行安装mysql数据库小编把小编整个灵魂都给你,连同它的怪癖,耍小脾气,忽明忽暗,一千八百种坏毛病.它真讨厌,只有一点好,爱你. 使用命令行创建MySql数据库,首先要登录MyS ...
最新文章
- from __future__ import absolute_import, division, print_function
- 在Gridview控件中根据Field Name来取得对应列索引
- C# 如何使用 Elasticsearch (ES)
- 报表网红是Tableau,提测网红是MadPecker
- comsol 多物理场仿真流程-以开关柜为例
- c语言 统计数量用count_请问c语言当中,如何统计数字各自出现的次数
- Python趣味编程3则:李白买酒、猴子吃桃、宝塔上的琉璃灯
- 用NVAPI获取GPU信息
- Android实现语音识别代码
- 2022Android SDK下载与安装
- 地籍测绘成图软件南方cass9.0支持AutoCad2010【安装文件和视频教程】
- VMware pro 14
- 通信接口:UART、I2C、SPI、TTL、RS232、RS422、RS485、CAN、USB
- 跨考计算机日程记录01
- 【Java】所有做过的面试题
- PIE-engine 教程 ——使用阈值法加载指定区域的大蒜种植区域并统计其面积
- 行程卡是怎么记录行程的?
- Java 学习 if循环 使用Scanner收集你的身高体重,并计算出你的BMI值是多少BMI的计算公式是 体重(kg) / (身高*身高)
- 【reactor模式】【proactor模式】
- 《数据结构》XB专场(完)模块的引用与裁剪
热门文章
- Windows10家庭版如何获取最高管理员权限
- 使用docker快速搭建Permeate渗透测试系统实践
- python-win10-tesseract-图像中印刷体字符识别(含字库训练)
- 微信小程序 换行显示指定行数据量
- 数研院联合CMC资本、凡卓集团主办小饭桌年度路演人工智能专场
- python电影数据爬取的代码_Python3.5:爬取网站上电影数据
- UI设计师为什么这么重要
- IOS开发—IOS7.0以后UILabel高度自适应设置
- Mysql 远程连接的问题 2003 - Can't connect to MySQL server on '39.106.187.107' (60 Operation timed out)
- 习惯决定性格,性格决定命运,细节决定成败!