TCGA数据库的基因表达情况分析

数据内容

TCGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下：

A：样品
B：表达水平
C：样品类型（正常组织和癌组织）
D：数据源

乳腺癌的基因表达情况

以乳腺癌为例：

筛选出TCGA的乳腺癌表达情况
在PISM软件中新建柱形图图表
列标题设置为primary（癌组织）和normal（正常组）
分别复制两组的表达水平
生成图表，进行T检验
表格休整

水平有限。如有补充、错误、建议恳请留言！欢迎交流，留言必回。

2019/1/11

TCGA数据库的基因表达情况分析相关推荐

基于TCGA数据库的差异基因分析实现
1.数据下载 1.1 网页下载 1.2 TCGABiolinks下载 setwd("D:\Bioinformatics data analysis") if (!requireNa ...
原F1000Prime推荐：ACE2泛癌分析图谱（TCGA数据库挖掘）
新冠肺炎病毒来势汹汹,成为一场席卷全球的突发公共卫生事件,通过临床数据可知在新型冠状肺炎尤其是重症病例中,很多都是老年人或合并其他基础疾病的患者,肿瘤患者由于自身处于免疫异常状态,加之手术.放化疗等治 ...
学计算机的怎样分析TCGA数据库,开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！
原标题:开启数据挖掘之门:TCGA数据库入门必看! 喜欢我的都关注我了~ 在肿瘤研究领域,相信没有人不知道The Cancer Genome Atlas (TCGA). TCGA是美国国家癌症研究所( ...
TCGA数据库下载及全流程分析（更新中）
一.GDCRNATools包下载首先下载R包 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packa ...
TCGA数据库的利用（三）—做差异分析的三种方法
今天更新TCGA数据库的利用系列第三篇文章,在对TCGA数据进行挖掘时,通常会筛选出来一些表达量显著异常的基因,作为后续研究的对象,这个筛选过程叫做差异分析:本篇文章将分为三大模块对差异分析进行介绍 ...
linux下载ccle数据,TCGA数据库下载，挖掘，Xena Browser可视化
1.数据库简介: 癌症和肿瘤基因图谱 (The Cancer Genome Atlas, TCGA) 于2006年启动,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症的基因组 ...
RNA 24. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析的在线小工具——TIMER
点击关注,桓峰基因桓峰基因生物信息分析,SCI文章撰写及生物信息基础知识学习:R语言学习,perl基础编程,linux系统命令,Python遇见更好的你 135篇原创内容公众号今天来介绍一个使 ...
TCGA数据库的利用（一）—— 数据下载
前序还有1个多月就要毕业了,而在此之前需要顺利完成自己的毕设,因为对纯生物方向一点也不感兴趣,所以课题方向选的是生信-TCGA数据的利用,虽说本科专业与生物相关,但在整个大学期间基本就是在不挂科的情 ...
RNA 29. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析 (TIMER2.0)
桓峰基因公众号推出转录组分析教程,有需要生信的老师可以联系我们!转录分析教程整理如下: RNA 1. 基因表达那些事--基于 GEO RNA 2. SCI文章中基于GEO的差异表达基因之 limma ...

TCGA数据库的基因表达情况分析

TCGA数据库的基因表达情况分析

数据内容

乳腺癌的基因表达情况

TCGA数据库的基因表达情况分析相关推荐

最新文章

热门文章