Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程

win7，原创

Step1: 导入蛋白结构

蛋白结构使用sybyl进行加H加电荷，去掉水分子，将共价残基处理成反

应态（一般需将反应原子所连接的H原子删除）

step2: 定义对接口袋

如已有配体，可直接使用配体来定义口袋，默认选取配体6埃范围内的蛋

白结构作为口袋，选取配体可直接在主界面使用file>open，口袋设置

后，口袋内的残基展示为灰色。

Step3: 选取打分函数

Step4：选取对接配体

此处可导入单个的配体分子，也可直接导入含多个分子的结构文件，可

在此设置GA Runs参数。

Step5: 选择对应的打分函数

Step6：选取构象搜索参数

Step7：进入高级设置，找到covalent选项，进行共价原子的设定。

注意配体的连接原子有两种设定模式，一种为直接在结构显示界面点中

单个原子（atom），一种为提前将共价基团保存下来（比如直接将硼酸

的warhead保存为mol2文件），然后使用structure file导入，再选中相应

的原子（structure）。

Step8: 点击run gold运行，运行时注意error界面的报错情况。

使用moe进行warhead处理

1.借助moe中docktite中的step1 warhead screening进行处理。

2.在ligand中导入需要处理的小分子库

需提前将小分子导入至Moe能识别的mdb库文件，这一步可在file中new

database, 后将小分子添加至database中（可提前将小分子库保存在sdf

格式）

3.选取处理warhead的rxns文件

Moe有一个rxns文件库，其中一个rxn文件（保存在mdb中）在代表处理

一种类型的结构，该文件库默认保存在以上显示的目录。

对于所涉及到的结构处理，可直接从以下目录中寻找相应的mdb文件。

比如以下的bornic.mdb代表处理硼酸结构的文件。

下图为处理之后的结果，

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