Sybyl分子对接操作流程

20160817 win7

1、打开sybyl-x 2.0；

2、点击“applications”----“Docking Suite”----“Dock Ligand”；

3、“Docking Mode”：Surflex-Dock（SFXC）；

(1)“Filename”栏点击“Define”----“Protein Structure”选择“mol2”右边的“…”打开蛋白分子（如

处理好导入mol2，没处理可选pdb）

(2)“Protomol Generation”的选择有四种，如有配体分子信息选择“Ligand”并导入，如知道残

基可选“Residue”并输入，剩余的两种均为自动；

(3)“Automatic”自动找到活性口袋（一个或多个）；

(4)“Muti-channel Surface”为多通道表面；

(5)“Threhold”默认为0.50，增加这个数目将减少体积，一般默认设置；

(6)“Bloat”可以用来使protomol和包含附近的裂缝膨胀，默认为0；

(7)完成后点击“Generate”生成活性口袋表面。点击“OK”回到“Docking”Dialog；

4、“Ligand Source”选择对接文件的格式并导入，完毕后点击“OK”

5、完毕会弹出对接后的结果“Result Browser”，可通过打分Total Score，Crash，Cscore等

打分来判断结果的好坏；

6、点击“Result Browser”下的“View”，选择蛋白分子，中间点击配体，可浏览对接的实际情

况；

7、浏览完毕后点击“Save Results”保存结果并退出。

Sybyl分子对接操作流程相关推荐

javplayer 使用教程_药物设计软件Sybyl教程（五）：绘制分子对接后对接表面
教程内容: 以SYBYL-X 2.0软件为例,进行分子对接(Surflex-Dock)后创建对接空腔的对接表面教程. 1 视频教程建议在wifi环境下观看~ 2 图文教程 1.打开对接结果本期教程 ...
Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程
Gold的共价对接操作流程与Moe结合处理共价键的前处理流程 win7,原创 Step1: 导入蛋白结构蛋白结构使用sybyl进行加H加电荷,去掉水分子,将共价残基处理成反应态(一般需将反应原子所 ...
CADD分子对接-机器学习代谢组学-AIDD人工智能药物发现与设计
CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计,依据生物化学.酶学.分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶.受体.离子通道及核 ...
文献综述计算机辅助药物设计,科普小文:计算机辅助药物设计之“分子对接技术”...
计算机辅助药物设计(CADD),作为现代药物研发的重要工具,在创新药物的开发过程中,不仅为药物的设计提供了很好的理论指导思路,而且还节省了大量的人力物力财力,可以说,CADD的应用,为化合物的成药起到 ...
带你走进计算机辅助药物设计（CADD）蛋白质分子对接
对接的过程中会考虑如下因素: 形状互补亲疏水性表面电荷分布两种蛋白质-蛋白质分子对接: Rigid Docking 刚性对接–目前可用的大多数软件为刚性对接. Flexible Docking ...
CADD分子对接、薛定谔分子对接、AMBER分子动力学能量优化与分析、AIDD人工智能（机器学习与深度学习）药物发现
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法,能够从原子层面给出体系的微观演变过程,直观的展示实验现象发生的机理与规律,促使我们的研究向着更高效.更经济.更有预见性的方向发展.分子动力学可以解决 ...
评价提高分子对接性能的组合策略
评价提高分子对接性能的组合策略相关背景: 分子对接可能是应用于基于结构的药物设计和虚拟筛选活动中最快速.成本最低的计算技术,它可以从巨大的化合物文库中找到潜在的活性分子,用于先导发现. 在分子对接中 ...
分子对接使用方法总结
CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计,依据生物化学.酶学.分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶.受体.离子通道及核 ...
药物设计常用方法分子对接方法
一:概述分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程,在药物设计中有十分重要的意义.药物分子在产生药效的过程中,需要与靶酶相互结合,这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二 ...

Sybyl分子对接操作流程

Sybyl分子对接操作流程

Sybyl分子对接操作流程相关推荐

最新文章

热门文章