Gromacs动力学模拟
Gromacs动力学模拟
实验要求:
实验对象:选取目标体系,可自行选择一个蛋白质体系,也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。
软件: Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial)
实验步骤:
- 加力场。
gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 - 加模拟盒子。
gmx editconf -bt ( boxtype: 做三个盒子的对比cubic/triclinic/dodecahedron ), -d 1.0 , 比较三种类型的盒子水分子数目差别。 - 加溶剂。
Gmx solvate –h - 做能量优化。 参数文件:em.mdp(可从官网上下载) etol: 500,达到收敛,实验完成。
- 平衡体系,将体系升温。 从0K升温到300K,在30ps内完成。
- 动力学模拟采样。模拟时间:1ns,步长:2fs。坐标保存的频率为每100ps保存一帧结果,整个轨迹共200个frame.
- 结果分析:
7.1. 全体系的alpha-C原子的均方根偏差(RMSD)结果获取及分析,g_rmsd。
7.2. 全体系的alpha-C原子的均方根涨落(RMSF)结果获取及分析, g_rmsf。
7.3. 体系的总势能变化曲线分析,采用g_energy命令。
7.4. 分析蛋白质的回旋半径变化,采用g_gyrate命令
7.5. 分析溶剂的可及表面积(SASA),采用g_sas命令
7.6. 将采样最后的构象与初始构象进行叠加比较,分析构象的变化情况。
7.7. 从模拟的轨迹中将体系中的蛋白质单独取出来,另存为一个轨迹文件protein.xtc, 用VMD的插件”movie maker”做成一个小电影。
二、操作过程记录及结果
总体流程图
图表 1流程
1、加力场
输入如下命令,在命令行的交互式操作中,选择力场(输入5)AMBER99SB protein,选择溶剂模型(输入1):TIP3P
gmx pdb2gmx -f 5mgh_pro.pdb -o conf.gro -p topol.top
图表 2 加力场命令
2、加盒子
输入如下命令:分别加三个模拟盒子,比较三种类型的盒子水分子数目差别。
gmx editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o cubic_out.gro
gmx editconf -f conf.gro -bt triclinic -d 1.0 -o triclinic_out.gro
gmx editconf -f conf.gro -bt dodecahedron -d 1.0 -o dodecahedron_out.gro
3、加溶剂
输入如下命令:
gmx solvate -cp cubic_out.gro -o cubic.pdb -p topol.top
gmx solvate -cp triclinic_out.gro -o triclinic.pdb -p topol.top
gmx solvate -cp dodecahedron_out.gro -o dodecahedron.pdb -p topol.top
立方体盒子里的水分子最多。
4、做能量优化
由于是示例而已,从官网上下载一个em.mdp的例子文件,下载地址如下
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/Files/em.mdp
检测离子平衡
输入如下命令,检测体系的离子平衡:
gmx grompp -f em.mdp -c cubic.pdb -p topol.top -o cubic_em
图表 3 检测结果
添加离子
发现总共是6个负电荷,需要加6个正电荷
添加离子命令:
gmx genion -s cubic_em.tpr -o ION.gro -p topol.top -np 6 -pname NA
再次检测离子平衡
再次使用新的文件ION.gro进行检测:
gmx grompp -f em.mdp -c ION.gro -p topol.top -o cubic_em.tpr
图表 4 再次检测
能量最小化
gmx mdrun -s cubic_em.tpr -deffnm cold –v
能量查看(potential)
gmx energy -f cold.edr -o cold.xvg
图表 5 低温能量
将cold.xvg导入WPS绘制表格,确实能量在降低
5、体系升温
根据生成的mdout.mdp文件,创建upgrade.mdp,将体系升温至300k,步长为2fs
在这里插入图片描述
图表 6 升温参数文件
体系升温
gmx grompp -f upgrade.mdp -c cold.gro -p topol.top -o cubic_em_hot.tpr
gmx mdrun -s cubic_em_hot.tpr -v -deffnm hot
能量查看(temperature)
gmx energy -f hot.edr -o hot.xvg
图表 7 高温能量
将hot.xvg导入WPS绘图,发现确实升温到了300k
6、采样
体系采样
gmx grompp -f sample.mdp -c hot.gro -p topol.top -o cubic_em_hot_sample.tpr
gmx mdrun -s cubic_em_hot_sample.tpr -v -deffnm hot_sample
能量查看(temperature)
gmx energy -f hot_sample.edr -o hot_sample.xvg
总能量确实达到了300K
图表 8 采样能量
结果分析与讨论
全体系的alpha-C原子的均方根偏差(RMSD)结果获取及分析
gmx rms -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o rmsd.xvg
图表 10均方根偏差
全体系的alpha-C原子的均方根涨落(RMSF)结果获取及分析
gmx rmsf -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot.xtc -o rmsf.xvg
图表 11均方根涨落
体系的总势能变化曲线分析
gmx energy -f hot_sample.edr -o potential.xvg
由于采样只选了0.1纳秒,不足1纳秒,所以总势能变化看上去有一点点像在上升,其实如果继续模拟,应该是在波动而已。
图表 12总势能变化
分析蛋白质的回旋半径变化(只绘制了半径的曲线图)
gmx gyrate -f hot_sample.trr -s cubic_em_hot_sample.tpr -o gyrate.xvg
图表 13回旋半径
分析溶剂的可及表面积(SASA)
gmx sasa -f hot_sample.trr -s cubic_em_hot_sample.tpr -o area.xvg
图表 14表面积
将采样最后的构象与初始构象进行叠加比较,分析构象的变化情况。RMSD不是很高,变化不太大。
gmx confrms -f1 ION.gro -f2 hot_sample.gro -o fit.pdb
图表 15构象叠加比较
VMD小电影制作
从模拟的轨迹中将体系中的蛋白质单独取出来,另存为一个轨迹文件protein.xtc, 用VMD的插件“movie maker”做成一个小电影。(以下命令选取其一即可)
gmx trjconv -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o pengpeng.pdb
gmx trjconv -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o pengpeng.trr
xtc文件是通过trjconv命令将轨迹文件.trr(是轨迹文件,包含坐标,速度,力等)压缩成的
百度搜索后下载VideoMach,将pdb或者trr加载进VMD中,
选择Extension->visualization->movie maker,Movie duration(seconds)设置生成视频的总时长,此处建议生成大约10秒左右,(之前nstxout指定过输出频率)
附录
Gromacs相关命令
gmx pdb2gmx -f 5mgh_pro.pdb -o conf.gro -p topol.topgmx editconf -f conf.gro -bt cubic -d 1.0 -o cubic_out.gro
gmx editconf -f conf.gro -bt triclinic -d 1.0 -o triclinic_out.gro
gmx editconf -f conf.gro -bt dodecahedron -d 1.0 -o dodecahedron_out.grogmx solvate -cp cubic_out.gro -o cubic.pdb -p topol.top
gmx solvate -cp triclinic_out.gro -o triclinic.pdb -p topol.top
gmx solvate -cp dodecahedron_out.gro -o dodecahedron.pdb -p topol.topwget http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/Files/em.mdpgmx grompp -f em.mdp -c cubic.pdb -p topol.top -o cubic_emgmx genion -s cubic_em.tpr -o ION.gro -p topol.top -np 6 -pname NAgmx grompp -f em.mdp -c ION.gro -p topol.top -o cubic_em.tprgmx mdrun -s cubic_em.tpr -deffnm cold -vgmx energy -f cold.edr -o cold.xvg依据mdout.mdp参数,生成upgrade.mdp
gmx grompp -f upgrade.mdp -c cold.gro -p topol.top -o cubic_em_hot.tprgmx mdrun -s cubic_em_hot.tpr -v -deffnm hotgmx energy -f hot.edr -o hot.xvggmx grompp -f sample.mdp -c hot.gro -p topol.top -o cubic_em_hot_sample.tprgmx mdrun -s cubic_em_hot_sample.tpr -v -deffnm hot_samplegmx energy -f hot_sample.edr -o hot_sample.xvg gmx rms -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o rmsd.xvg
gmx rmsf -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot.xtc -o rmsf.xvg(选择C-alpha)
gmx energy -f hot_sample.edr -o potential.xvg
gmx gyrate -f hot_sample.trr -s cubic_em_hot_sample.tpr -o gyrate.xvg
gmx sasa -f hot_sample.trr -s cubic_em_hot_sample.tpr -o area.xvggmx confrms -f1 ION.gro -f2 hot_sample.gro -o fit.pdbgmx trjconv -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o pengpeng.pdbgmx trjconv -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o pengpeng.trr
mdp文件重要参数
integrator 动力学模拟方法,即整合牛顿力学定理的方法
md: 使用跳蛙算法(leap-frog)整合牛顿定律。
steep:使用最速下降法进行能量优化。
(能量优化最大位置移动用emstep设定,能量最大容忍度由emtol决定)
emtol:最大容许力。默认为10.0。当最大作用力小于此值,认为最小化过程收敛。
nsteps:最大模拟步数。
dt :时间步长(fs)
nstxout:坐标保存的频率(每多少步保存一帧)
PS: nsteps× dt=模拟时间总长
注意设置nstxout采样保存
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