QIIME2使用方法
激活qiime2的执行环境:source activate qiime2-2019.4如何查看conda已有的环境:conda info -e 以下分析流程参考:https://docs.qiime2.org/2019.4/tutorials/qiime2-for-experienced-microbiome-researchers/
1、数据准备
现在我们常用的就是这种格式的数据,每个样品一对数据文件
wget \-O "casava-18-paired-end-demultiplexed.zip" \"https://data.qiime2.org/2019.4/tutorials/importing/casava-18-paired-end-demultiplexed.zip" 下载解压后,文件夹中文件如下:
2、将数据转换为qza格式(qiime新定义的自己的格式类型,有点编程中对象的含义)
qiime tools import \--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \--input-path casava-18-paired-end-demultiplexed \--input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt \--output-path demux-paired-end.qza 3、查看数据质量qiime demux summarize --i-data demux-paired-end.qza --o-visualization demux-summary-1.qzv用以下命令查看结果:qiime tools view demux-summary-1.qzv
4、双端序列合并成单端
qiime vsearch join-pairs --i-demultiplexed-seqs demux-paired-end.qza --o-joined-sequences demux-joinded.qza
5、查看对merge后的数据质量情况
qiime demux summarize --i-data demux-joinded.qza --o-visualization demux-summary-merged.qzv
qiime tools view demux-summary-merged.qzv
4、对数据进行剪切
双端:qiime dada2 denoise-paired \--i-demultiplexed-seqs demux-paired-end.qza \--p-trim-left-f 13 \--p-trim-left-r 13 \ --p-trunc-len-f 150 \ --p-trunc-len-r 150 \ --o-table table.qza \ --o-representative-sequences rep-seqs.qza \ --o-denoising-stats denoising-stats.qza
单端:
qiime dada2 denoise-single \--i-demultiplexed-seqs demux-joinded.qza \ #输入应该也是序列,不能是joined对象--p-trim-left 13 \ --p-trunc-len 150 \ --o-table table.qza \ --o-representative-sequences rep-seqs-merged.qza \ --o-denoising-stats denoising-stats-merged.qza
https://forum.qiime2.org/t/demultiplexing-and-trimming-adapters-from-reads-with-q2-cutadapt/2313
转载于:https://www.cnblogs.com/afeiyuanda/p/11037287.html
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