QIIME2导入数据-fq数据转换成qza数据-使用方法心得

2024-06-02 07:58:38

启动QIIME2运行环境

conda activate qiime2-2019.4

###新建并定位设置到存在fq数据的文件夹

mkdir qiime2-importing-tutorial ##建立新的文件夹
cd */*/qiime2-importing-tutorial

将fq数据转换成qza数据

1.清单文件的建立

由于我们拿到的数据多为FASTQ数据即fq格式。如果你不是EMP或CASAVA格式的数据，则需要先创建一个“清单文件”，然后使用导入命令qiime工具导入命令，手动将数据导入到qiime 2。

我们大都不是，所以必须建立清单来促进数据的导入。
清单文件是逗号分隔（即.csv）的文本文件。每行的第一个字段是qiime应该使用的样本名sample-id （注意：必须加-，不然报错，这是双端33格式的要求），第二个字段是绝对文件路径absolute-filepath（注意：必须加-，不然报错，这是双端33格式的要求），第三个字段是读取方向direction。以#开头的行和空行将被忽略。sample-id里是你自己的样品名，absolute-filepath里$PWD是目前绝对路径，后面加上你的样品名（双端的话，会有1,2两组数据，记住要在压缩状态，即*.fq.gz）。direction主要包括：forward和reverse，*_1.fq.gz为forward。

2.代码运行

在这之前，先讲一下，数据存放问题。fq数据在qiime2-importing-tutorial 下，同时新建文件夹SampleData,将清单文件放入。
mkdir SampleData
上传清单文件
运行代码

qiime tools import \--type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \--input-path SampleData/manifest.csv \--output-path  paired-end-demux.qza \--input-format PairedEndFastqManifestPhred33

fq数据转换成qza数据，大功告成。

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