RepBaseRepeatMaskerEdition下载

开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具，开源世界不是怎么方便怎么来吗？

这个注册真的麻烦，这里上传了一个可以使用的版本。

RepBaseRepeatMaskerEdition-20170127.tar.gz

想转成fasta可以用如下命令：

awk -f awk.sh RMRBSeqs.embl > raw.fasta
cat raw.fasta | cut -f1-9 -d' '| sed -e 's/ID   //g' | sed -e 's/repeatmasker\;//g'| sed -e 's/ //g' > RepBase.fasta

其中awk.sh文件内容为：

/^ID/   {printf(">%s;",$0); next;}
/^(PT|PA)/  {printf(" %s;",$0); next;}
/^\/\// {printf("\n"); next;}
/^    / {printf("\n%s",substr($0,5)); next;}{/* ignore default */}
END   {printf("\n");}

RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker相关推荐

iphone开发笔记和技巧总结
在iphone程序中实现截屏的一种方法: //导入头文件 #importQuartzCore/QuartzCore.h //将整个self.view大小的图层形式创建一张图片imageUIGrap ...
基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用
写在前面这个软件是干什么用的,估计只要研究基因组,一定会用到它. 任何基因组都有基因,基因比较有规律.而重复序列会不像基因结构那样好预测,就需要这个软件进行同源注释. 无论你是想研究重复序列,还是不 ...
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释
本网对Markdown排版支持差,对格式不满意的用户请跳转至"宏基因组"公众号阅读: RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物 ...
基因组注释1. 重复序列repeatmasker, trf
本文转自"美格基因",已获授权基因组注释(Genome annotation)是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因和其他结构进行高通量注释. 基因组注释主要包括:基因组组 ...
RepeatMasker的安装与使用（一）
文章目录文章目录文章目录一.前言二.软件安装 1.RMBlast序列搜索引擎 2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列 3.RepeatMasker程序 4.Re ...
RepeatMasker安装与使用（二）
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种.是研究基因组.非编码RNA.转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件.很多small RNA, lncRN ...
Alibaba Cloud Linux 2.1903 LTS 64位服务器yum源下载404,Alibaba Cloud Linux 2实例中使用docker-ce、epel等YUM源安装软件失败
[Alibaba Cloud Linux 2.1903 LTS 64位]服务器yum源下载404 failure: repodata/repomd.xml from docker-ce-stable: ...
Redis学习之路(一)--下载安装redis
redis学习之路--下载安装redis windows安装redis 1.下载redis 2.安装 3.查看是否安装成功 windows安装redis 1.下载redis 网址:https://gi ...
各bert 模型下载
20210618 https://huggingface.co/bert-base-chinese/tree/main bert 官方 https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ...

RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker相关推荐

最新文章

热门文章