RepeatMasker的安装与使用(一)
文章目录
文章目录
- 文章目录
- 一、前言
- 二、软件安装
- 1.RMBlast序列搜索引擎
- 2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列
- 3.RepeatMasker程序
- 4.Repbase数据库
- 5.配置RepeatMasker依赖关系
一、前言
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。
本文安装参考一:RepeatMasker(一)——安装及使用
本文安装参考二:RepeatMasker/INSTALL
本文主要讲述大致安装过程,具体使用帮助见下一章:RepeatMasker的安装与使用(二)
二、软件安装
1.RMBlast序列搜索引擎
RMBlast Download
#本地下载后进行安装
cd /home/ghost/software
tar zxvf ncbi-blast-2.11.0+-src.tar.gz
mv ncbi-blast-2.11.0+-src ./rmblast
gunzip isb-2.11.0+-rmblast.patch.gz
cd rmblast
patch -p1 < ../isb-2.11.0+-rmblast.patch
cd c++
./configure --with-mt --prefix=/home/ghost/software/rmblast --without-debug
make
# 安装程序及库至系统目录,有报误,但我们需要的rmblastn已经可以正常使用了
sudo make install # Makefile:40: recipe for target 'install-toolkit' failed
# 测试程序是否安装成功
/home/ghost/software/rmblast/c++/ReleaseMT/bin/rmblastn -h
2.TRF(Tandem Repeat Finder)搜寻串联重复序列
https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html
#需要先查看本设备的GLIBC 版本
ldd --version#选择Tandem Repeats Finder 4.09 for 64 bit Linux(GLIBC version >= 2.14)进行本地下载
cd /home/ghost/software
mkdir TRF
chmod +x trf409.linux64
sudo cp trf409.linux64 /home/ghost/software/TRF/trf
# 测试是否有帮助信息即可用
./trf -h
3.RepeatMasker程序
http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
#选择Latest Released Version: 04/1/21: RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz进行本地下载后
#注意该版本的注解:Patch 1: Releases 4.1.1-4.1.2 contained a bug with the processing of Alu sequences in primates. The step where an initial annotation is refined into a particular Alu subfamily was not performed and the annotations remained labeled with the initial capture sequence ( AluJb, AluSx, or AluY ).
cd /home/ghost/software
tar xvzf RepeatMasker-4.1.2-p1.tar.gz
4.Repbase数据库
https://www.girinst.org/server/RepBase/index.php
#进行本地下载后
cd /home/ghost/software
mv RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz ./RepeatMasker
cd RepeatMasker/
tar xvzf RepBaseRepeatMaskerEdition-20181026.tar.gz
5.配置RepeatMasker依赖关系
#进行本地下载后
cd /home/ghost/software/RepeatMasker
chmod -R 755 *
./configure #执行后,根据提示信息,依次添加perl、trf、选择2 RMBlast的安装绝对路径,最后选择5 done
#配置环境变量
export PATH=/home/ghost/software/RepeatMasker:$PATH
#查看帮助检测安装是否成功
RepeatMasker -h
常见报错一:
如果反复提示以下关于“Text::Soundex module”模块的错误(即便你这个perl模块确实安装好了),不用强行安装,因为作者表明RepeatMasker issues74现在已经不依赖Text/Soundex了,报错的那一行注释之后就可以正常运行,而且最新版本的RepeatMasker已经修复了这个bug。
常见报错二:
本人在安装时遇到Python h5py模块缺失的问题,只要安装一下这个模块,然后再重新设置RepeatMasker依赖环境就行
#安装pip安装工具
sudo apt update
sudo apt install python3-pip
python3-pip --version #查看版本顺便检验pip是否安装成功
sudo pip install h5py
RepeatMasker的安装与使用(一)相关推荐
- 基因组重复序列注释-RepeatMasker安装和使用
写在前面 这个软件是干什么用的,估计只要研究基因组,一定会用到它. 任何基因组都有基因,基因比较有规律.而重复序列会不像基因结构那样好预测,就需要这个软件进行同源注释. 无论你是想研究重复序列,还是不 ...
- RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释
本网对Markdown排版支持差,对格式不满意的用户请跳转至"宏基因组"公众号阅读: RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物 ...
- RepeatMasker安装与使用(二)
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种.是研究基因组.非编码RNA.转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件.很多small RNA, lncRN ...
- 基因组重复序列检测:RepeatMasker
转载 RepeatMasker是重复序列检测的常用工具,通过与参考数据库相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列,属于同源预测注释的方式. 基因组组装完成后,进行基因预测和注释.由于基因组中存在重 ...
- Blast+安装使用的简单流程
Blast+使用 安装 安装 通过https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/网站下载,并执行安装 $ tar zxvpf ncbi-b ...
- 安装Bioperl最基本模块Bio::SeqIO
Bioperl就像个大柜子,里面存放各种模块.Bio::SeqIO是Bioperl最基本的模块,本文介绍其在CentOS7-64bit下的安装方法. STEP1:prepare to install ...
- 安装 VarDictJava
[VarDictJava] 2019/6/5 17:21:14 安装VarDictJava的时候,始终报错, 最后跟原作者的沟通中发现: Well, I see in the path, that t ...
- linux环境下nacos的安装+启动,阿里云服务器安装nacos
nacos安装+启动(linux环境): 基础:安装java环境 官网下载压缩包:如 nacos-server-1.2.1.tar.gz 放在自定义目录下 # 解压 tar -xvf nacos-se ...
- Alibaba Cloud Linux 2.1903 LTS 64位服务器yum源下载404,Alibaba Cloud Linux 2实例中使用docker-ce、epel等YUM源安装软件失败
[Alibaba Cloud Linux 2.1903 LTS 64位]服务器yum源下载404 failure: repodata/repomd.xml from docker-ce-stable: ...
最新文章
- 匹配算法:局部结构保留
- Python使用matplotlib可视化树状图、层次聚类系统树图、树状图根据给定的距离度量将相似点分组在一起、并根据点的相似性将它们组织成树状图链接起来(Dendrogram)
- MNIST 训练测试
- nodejs(6)express学习
- openCV中waitKey函数介绍
- Python 爬虫利器二之 Beautiful Soup 的用法
- oracle rac添加用户组,oracle 11g rac 与 oracle 10 rac所需要建立的组和用户
- 韩春雨要“翻案”?最新研究发现NgAgo具有DNA编辑能力
- 吴恩达深度学习 —— 2.18(选修)逻辑回归损失函数的解释
- 查询mysql所有表的大小
- Flex Builder中创建的项目4种
- 补全缺失的64位dll,0xc000007b
- springmvc ajax 传参
- 了解React Native组件,模板和工具
- Node.js全栈开发笔记与心得
- 没事干的时候可以看这些,超全超多…
- 大恒相机Python版Qt界面(一)
- 用python自动发微博
- DS8100更换PPS电源线
- 【转】【Books】程序员必读的30本书籍
热门文章
- 江苏大学和南邮的计算机专业,江苏最适合普通考生的5所大学,性价比很高,不让考生浪费一分...
- 人生历程中的几个观念瓶颈
- HTML文字动画,缓慢浮入
- 世界最具影响力的100个品牌
- 小程序数据怎么传输到服务器,微信小程序怎么将数据传输到Java后台
- Unity发布小游戏(五):小游戏的打包与上传到CCD云服务器
- DxO Analyzer的基本操作
- 智能蜂箱管理系统——物联网工程专业软硬结合课设 计算机专业课程设计 大作业 项目(安卓,Springboot后端,网页数据展示前端,ESP8266传输数据,MQTT服务器)
- 实例演示使用RDIFramework.NET 框架的工作流组件进行业务流程的定义—请假申请流程-WinForm
- 《阿里铁军》带给我的启发和感悟