吐个槽，相信凡是来到这的小伙伴肯定不是第一次遇到Qiime2，因为你们已经无数次安装卸载，仍痛苦不堪，你好，我是。本教程教给你最简单的方式安装，请相信大道至简！啥？虚拟机？用啥玩意虚拟机？！下面的全文中我要是再提虚拟机3个字就隐刀自宫！关谷都不敢说这话！（3050字，阅读时长6分钟）

非要让我形容Linux和Windows的区别，一句话，Windows更聪明，指令简单，Linux就是个机器，你不把指令细细道来，它不肯干活！慢慢悟吧。现在你只需要明白在Windows系统上写Linux语言是最简单的。也就是本教程要交给你的，我准备写了，你准备看了吗？下面全是代码和注释，我就是一个不参杂任何情感的无情的Linux。

在你正式安装Qiime2之前，要了解到一些细节。

1）Qiime2是基于Linux系统的一个软件，你可以把它看作Windows里的QQ；

2）安装Qiime2就跟安装QQ一样，你要找到它的官网，然后下载他的安装包，这应该是很多人尝试过的，也是最痛苦的，不是安装包不香，而是实在太香了，完全不适合像你我这样的新手，新手会怎么做，新手会下载一个360、电脑管家等，这些就自带软件商城，我可以直接安装，不需要啥自定义，因为我们是新手！就是这个简单粗暴的理由！那么我们就去找Linux里面的“360软件商城”；

3）miniconda、anaconda啥的就是我们所需要的软件商城，建议使用miniconda，因为它的功能更弱智且更粗暴一点，中文名叫康达，至于conda怎么下载，菜菜能交给你很难的吗？认真点往下看（！）；

4）最后就是找到最重要的一点，Windows系统里的Linux，自从win10第几代产品开始（至于第几代不是我该考虑的事情，你只需要保证自己电脑是最新版的win10或者win11就好）Windows系统里开始镶嵌Linux系统（行内人员管这叫WSL，目前已经升级到WSL2了），你能简单的通过一个“乌班图”就能在自己电脑上使用Linux，实乃振奋了你我这种菜菜的心啊，实乃真香！

以上4步就是安装原理，您能看懂实属不易！理论学完咱们就开始梦斩天龙（雪刀里的典故）吧！

#1 打开Windows系统里的Linux（WSL2）

右击“开始”图标，打开设置，搜索“开发者设置”，打开开发人员模式，把下面各项都打上对号，点击应用；在设置里搜索“控制面板”-程序-程序与功能-左侧启用或关闭Windows功能-把最下面的Windows支持的Linux子系统打开，提示重启电脑，不用重启（如果后面配置出错再重启即可，一般不会出错）。

#2 启动WSL。

用管理员身份打开PowerShell，有的电脑叫Windows终端（管理员），双击打开它就完事了，试一下就行，关上吧，就是想看看你打开WSL2了不。

#3 下载Linux内核更新包，因为很多电脑都是第一次运行Linux系统，所以你得更新。

下载地址：https://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msihttps://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msi

下载的是一个.exe文件，直接安装就行，安装完不用再理会这是个啥东西。

#4 将WSL2设置为默认版本。

打开 PowerShell（第2步让你打开的），然后在安装新的 Linux 发行版时运行以下命令：

wsl --set-default-version 2

能撑到这就说明你的电脑运行Linux的环境已经搭建好了，加油菜鸡们，咱们一鼓作气！现在可以去安装对应的Linux发行版了！这里我们拿Ubuntu举例。

#5 下载Ubuntu（中文名叫乌班图），为啥下载？看前面的原理4。

打开Microsoft Store，搜索Ubuntu，安装Ubuntu20.04LTS版本，安装完打开，它自己会加载一会，等一会就行，下面的代码都要在Ubuntu里面写哈。

#6 安装conda

1）下载最新版miniconda3

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2）运行安装程序

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3）添加至默认环境

~/miniconda3/bin/conda init

安装完毕后关闭程序，重新打开，会发现默认提示符前面会带（base），说明是在康达的程序下，如果要退出康达支配，输入 conda deactivate, 运行就输入conda activate。

#7 安装Qiime2，千万不要参考原文网址！

原文网站： Natively installing QIIME 2 — QIIME 2 2021.11.0 documentationhttps://docs.qiime2.org/2021.11/install/native/也可以参考我的代码（两行代码分别运行）：

wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml
conda env create -n qiime2-2021.11 --file qiime2-2021.11-py38-linux-conda.yml

删除软件列表（因为占内存，贵机内存大，无所谓，可忽略此代码）

rm qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml

到这就安装完Qiime2了，折磨人的Qiime2就这么简单的装完啦！！！不可思议！！如果你要用这个软件，就要配置它的环境，所以多写一步，免费的哈.....

#8 配置Qiime2工作环境

激活工作环境，需要5秒左右（看配置怎么样，内存低的可能几十秒，等一会就行），激活成功以后会在你的默认命令行前面显示(qiime2-2021.11)这样的字符，命令如下：

conda activate qiime2-2021.11

其中qiime2-2021.11是版本号，如果你忘记自己安装的哪个版本可以通过下面代码查看：

conda info --envs

测试安装是否成功

qiime --help

关闭工作环境，当你使用完这个软件，可以直接关机，也可以牛逼一点，点一下QQ右上角的红叉号，嘿嘿

conda deactivate

#9 QIIME 2虽然经常更新，但每个版本独立，不支持升级。如果有新版本可用，可按照说明安装至另一个新的conda环境中，互不干扰，只是环境名称不同，以版本号区分。删除旧版本的QIIME 2：

conda env remove -n qiime2-2020.8

可以瞬间删除你这么久安装的环境。

#10 使用过程中，某次更新系统以后Ubuntu可能提示WSL 2 需要更新其内核组件，打开电脑浏览器，输入下面网址，下载软件进行更新即可：

https://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msihttps://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msi

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