对16S数据使用PICRUSt预测输出KEGG和COG表
step1 原材料:
1. OTU表
2. OTU.fasta
step2 利用qiime转换为GreenGene ID替换原来的OTU_num
#qiime 的 OTU 序列注释过程 assign_taxonomy.py -i otu.fasta -r gg_13_5_otus/rep_set/97_otus.fasta -t gg_13_5_otus/taxonomy/97_otu_taxonomy.txt --uclust_max_accepts 1 -o gg97 #根据具体的注释细节,对应 greengene id(这里用了一个手写的 R 脚本实现转换,在网盘附件中) grep 'H' gg97/otu_tax_assignments.log > gg97/otu_tax_assignments2.log Rscript replace_id.r gg97/otu_tax_assignments2.log otu_table.txt otu_table2.txt #转为 biom 格式 sed -i '1i\# Constructed from biom file' otu_table2.txt biom convert -i otu_table2.txt -o otu_table2.biom --table-type="OTU table" --to-json
step3 可选校正16S拷贝数
#校正 16
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