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lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA, 虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调控基因的表达，广泛参与各种生物学过程，本文整理了lncRNA数据分析相关的资料。

首先是lncRNA的数据库，和miRNA不同，lncRNA虽然是研究的热点之一，但是其数量众多，没有统一的命名方式，这就要求我们对不同数据库中的lncRNA有一个清晰的认识

• LNCipedia:人类lncRNA数据库

• NONCODE:综合性的lncRNA数据库

• lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库

• LncBook:综合性的人类lncRNA数据库

• PlncRNADB:植物lncRNA数据库

• CANTATAdb:植物lncRNA数据库

• GreeNC:植物lncRNA数据库

• EVLncRNAs:最大的实验验证过的lncRNA数据库

数据库中存储的是别人已经预测出来的lncRNA,然而lncRNA数量众多，还有很多lncRNA没被发现，我们需要掌握预测lncRNA的方法

• CPAT:转录本蛋白编码能力预测软件

• CPC:转录本蛋白编码潜能预测工具

• CNCI:转录本蛋白编码潜能预测工具

• PLEK:转录本蛋白编码潜能预测工具

• LGC:转录本蛋白编码潜能预测工具

接下来就是研究lncRNA与其他分子之间的调控作用，包括ceRNA调控机制

• LncRNA2Target:lncRNA靶基因数据库

• Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库

• LincSNP:lncRNA相关SNP位点数据库

• LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

• lncRNASNP:SNP位点对lncNA结构和lncRNA-miRNA影响的数据库

• LncMAP:lncRNA-TF-gene调控网络数据库

• chipBase:转录调控数据库

• LncACTdb:lncRNA相关的ceRNA网络数据库

• LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库

lncRNA还有很多的病理过程相关

• lncrnadisease:lncRNA相关疾病数据库

• MNDR:哺乳动物中与疾病相关的ncRNA数据库

• lnc2Cancer:lncRNA相关肿瘤数据库

• Lnc2Meth:与疾病相关的lncRNA上的甲基化位点

• NSDNA:神经系统疾病相关的ncRNA数据库

• Lnc2Catlas:肿瘤相关的lncRNA数据库

• TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

lncRNA的研究主要集中在两点上，lncRNA与其他分子的调控作用以及相关关的生理，病理过程，目前大多数lncRNA的功能还是未知的，有很多的未知区域需要进行探索和挖掘。

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• 使用TCGAbiolinks下载TCGA的数据

• 使用TCGAbiolinks进行生存分析

• 使用TCGAbiolinks分析TCGA中的表达谱数据

• 使用TCGAbiolinks进行甲基化和转录组数据的联合分析

• Broad GDAC:TCGA数据分析中心

• 使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

• UCSC  Xena:癌症基因组学数据分析平台

• GEPIA:TCGA和GTEx表达谱数据分析平台

• TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

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• GTEx:基因型和基因表达量关联数据库

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• bigwig归一化方式详解

• 使用igvtools可视化测序深度分布

• 使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

• 使用deeptools查看reads分布特征

• 使用phantompeakqualtools进行cross correlation分析

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• 利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因

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• 使用DREME挖掘序列中的de novo motif

• 使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

chip_seq数据库

• ENCODE project项目简介

• FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ReMap:人类Chip-seq数据大全

• IHEC:国际人类表观基因组学联盟

• Epifactors:表观因子数据库

• GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库

• ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘

• Cistrome DB:人和小鼠的chip_seq数据库

• chipBase:转录因子调控网络数据

• unibind:human转录因子结合位点数据库

• chip_seq在增强子研究中的应用

• DENdb:human增强子数据库

• VISTA:人和小鼠的增强子数据库

• EnhancerAtlas:人和小鼠的增强子数据库

• FANTOM5:人类增强子数据库

• TiED:人类组织特异性增强子数据库

• HEDD:增强子疾病相关数据库

• HACER:human增强子数据库

• SEdb:超级增强子数据库简介

• dbSUPER:人和小鼠中的超级增强子数据库

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• 使用ROSE鉴定超级增强子

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