High Performance Computing (HPC) 使用指南(香港城市大学为例)
致谢:特别感谢王际潮的耐心指导
配置环境变量
vim ~/.bashrc
i #插入
export PATH=/home/yupeng/anaconda3/bin:$PATH
:wq #保存退出
source ~/.bashrc
配置环境空间
conda create -n spacename python=3.8
启动环境空间
source activate spacename
装包
pip install scipy
查看版本号和包
pip -V
pip list
1.代码要使用相对路径编写
2.链接HPC
ssh hongzli2@burgundy.hpc.cityu.edu.hk
如果是HTGC的话
ssh hongzli2@htgc1.cs.cityu.edu.hk
3.上传本地文件到服务器(新开一个cmd窗口,在本地cmd操作)
传输单个文件scp,传输文件夹scp -r (-r: 递归复制整个目录). 上传下载通用
scp 本地绝对路径 jichawang2@burgundy.hpc.cityu.edu.hk:/home/jichawang2
scp -r C:\Users\Administrator\Downloads\QuadraticKnapsack01GRASP-master hongzli2@burgundy.hpc.cityu.edu.hk:/home/hongzli2
4.sh文件编码问题
解决办法
5.一定要在source activate env进入指定之后,在使用sbatch命令提交sh文件进入job queue
sbatch sbatch_A.sh
6.CPU和GPU可以同时各运行一个程序,2个CPU程序只能排队运行
7.从服务器上下载文件(在本地cmd操作)
scp jichawang2@burgundy.hpc.cityu.edu.hk:/home/jichawang2/SAR 本地绝对路径
将服务器端的SAR文件夹全部拷贝至指定的绝对路径下。得到 绝对路径/SAR/…
scp hongzli2@burgundy.hpc.cityu.edu.hk:/home/hongzli2/scratch/home86396.log E:\HPC
8.可以终止自己的进程
scancel 82051 82052 85063
9.查看自己的队列
squeue -l
代码测试登录
ssh hongzli2@v100t.cs.cityu.edu.hk
可能会用到的基本Linux命令
删除文件(删除当前目录下的所有文件及目录,并且是直接删除,无需逐一确认命令行为)
rm -rf anaconda3/
查看文件,并退出
vim sbatch_A.sh
ESC
:wq %保存退出
enter:q! %不保存退出
当前路径
pwd
如果是用系里的condor
matlab的提交
- .m文件的写法
function hello(n)
if (nargin<1)n = 0;
elsen = str2num(n); %一定要用这个函数转换!
endfor i=1:((n+1)*10)disp(sprintf('hello %d', i));pause(1);
end
- 先用 mcc 编译
mcc -v -m filename.m
- 生成可执行的文件 filename 后,用shell script (run_filename.sh) 去run
./run_filename.sh /usr/local/matlab 3 % 3是参数
- 生成.sh后,提交任务
condor_submit run_filename_matlab.condor
- 提交了任务后,查看任务
condor_q
condor_q hongzli2 %查看自己的任务
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