薛定谔Maestro--LigPrep 准备配体
薛定谔Maestro–LigPrep 准备配体
2D结构没有H和低能量信息，需要生成低能量的结构，这里我们利用LigPrep 模块操作
加载模块
Use structures from 数据来源
Filter criteria file 结构过滤条件
Maximum ligand size：最大分子量大小，default：|500 |atoms
Force field：定义力场 default：0PLS4
Ionization：设置离子化状态
- Do not change 不改变
- Neutralize 中和
- Generate possible states at target pH：7.0 |+/-|2.0 根据给定条件
Using:
- Ionizer 免费的模块
- Epik default （需要额外License）（1）Add netal binding states 小分子和金属离子（2）Include original state 输入结构包含着输出结构中 - Desalt 排除输入文件一些可能存在的其他离子，如：水分子、反粒子
- Generate tautomers 生成互变异构体，最多8个，同烯醇互变异构，硫氮互变异构，组氨酸互变异构，DNA碱基互变异构
Stereoisomers 立体异构体部分
- Computation：
- Retain specified chiralities（vary other chiral centers）输入文件结构手性信息不做改变
- Determine chiralities from 3D structure 直接从3D结构中获得手性信息
- Generate all combinations 生成所有的信息
- Generate at most：32 per ligand
- For SD V2000 input，generate enantiomers if the chiral flag is 0
Output format: 输出文件格式
- Maestro
- SDF
Job nane：运算名字 default :|ligprep 1| Run
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