薛定谔教程–Glide分子对接 | Ligand Docking

Ligand Docking功能模块

Ligands

Receptor grid:From file 上传受体文件形式
Use ligands from: 上传配体的形式
Use input partial charges 限制上传配体条件
- Do not dock or score ligands with more than:500 atoms
- Do not dock or score ligands with more than:100,rotatable bonds
Scaling of van der Waals radi 调节受体范德华半径缩放比例

Setting对接准确性和采样的设置

Precision:
- SP(standard precision)
- HTVS (high throughput virtual screening) 高通量筛选，快速筛选小分子，比如数据库
- XP(extra precision)
- SP-Peptide
Ligand sampling: Flexible 配体取样，配体的柔性
- Sample nitrogen inversions 氮反转采样
- Sample ring conformations 成环采样
  - Sample macrocycles using Prime. 使用Prime采样大环 Non-macrocycle ligands will be skipped.
  - Include input ring conformation包括输入环构象
- Bias sampling of torsions for：扭转采样
  - All predefined functional groups所有预定义的官能团
  - Amides only: 酰胺结合 Penalize nonplanar conformation
Add Epik state penalties to docking score将EPIK的处罚添加到对接得分
Reward intramolecular hydrogen bonds
Enhance planarity of conjugated pi groups
Apply |Large excluded volumes penalties
Show excluded volumes
Advanced Settings…

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