Linux上部署和使用Blast序列比对工具
部署
第一步:Index of /blast/executables/blast+/LATESThttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
去这个网址,下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz,也就是Linux版本
第二步:
在linux上创建好文件夹,比如我在/home下创建soft文件夹,用于安装Blast软件.
第三步:把下载好的压缩包,放到文件夹下,进行解压,命令如:tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz
第四步:
进入程序的文件夹里面的bin目录。输入pwd ,查看当前路径,复制路径
第五步:
添加环境变量,使用vim ~/.bashrc命令,编辑文件,在最后一行添加
export PATH=刚刚复制的路径:$PATH
然后保存退出
第六步:
使用 source ~/.bashrc 命令让其生效
第七步:
使用 blastn -version 这个命令出现版本号,就安装好了
使用
在使用之前需要准备一个fasta库,也就是所有的序列信息
还有要比对的源数据,也是一个fasta文件
可以将他们存放在另一个文件夹下
第一步:建库
命令如下
makeblastdb -in SRR7.fasta -dbtype nucl
其中SRR7.fasta是数据库文件,这属于简单建库,后面还有其他参数,如下
--------------------------------------------
makeblastdb -in 数据库文件 -dbtype 序列类型 -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name
-dbtype 后接序列类型,nucl为核苷酸,prot为蛋白
-parse_seqids 推荐加上
-out 后接数据库名 (暂时没发现这个有什么用)
-logfile 日志文件,如果没有默认输出到屏幕
第二步:进行序列比对
命令举例:
blastn -query /home/data/blast/query.fasta -db /home/data/blast/SRR7.fasta -out /home/result/result.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6
这样就会在当前路径下生成a.txt的结果文件
参数解释:
-query: 输入文件路径及文件名
-out:输出文件路径及文件名
-db:格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应之前BLAST的m8格式
-evalue:设置输出结果的e-value值
-num_alignments 显示比对数Default = 250
-num_descriptions:单行描述的最大数目 default=50
-num_threads:线程
Linux上部署和使用Blast序列比对工具相关推荐
- 怎样在linux上部署web服务器
linux上部署web服务器 1.从Apache官网下载源码. 2.卸载原来已经存在的httpd. 3.挂载光盘准备部署httpd. 4.源码编译安装httpd, 解包 , 配置(--prefix:指 ...
- linux系统中如何安装qwt,在Linux上部署Qt及Qwt
安装Qt 在部署Qt前按照www.qt.io官网的说明,需要安装g/g++和OpenGL包.在未安装OpenGL包时,使用Qt编译程序时会出现类似无法找到GL.h之类的错误.安装命令: sudo yu ...
- docker部署在linux怎么代理,如何在linux 上部署docker
如何在linux 上部署docker? Docker的三大核心概念:镜像.容器.仓库 镜像:类似虚拟机的镜像.用俗话说就是安装文件. 容器:类似一个轻量级的沙箱,容器是从镜像创建应用运行实例, 可以将 ...
- [Linux]在Linux上部署Java开发环境笔记(一)-- 补充:Linux下如何手动设置IP及配置DNS服务
在Linux上部署Java开发环境笔记(一) -- 补充:Linux下如何手动设置IP及配置DNS服务 2010/06/17 有的Linux系统会有网络设置的图形操作界面,比如"红旗Linu ...
- 在Linux上部署一些简单的服务,Linux进阶必看,定时任务
目录 1.单一执行的例行性工作at 2.循环执行的例行性工作 3.chrony服务器 4.对称加密和非对称加密 1.单一执行的例行性工作at at 配置在5小时后,将 "This is a ...
- 如何在Linux上部署web程序
上期讲解了Linux常用语法和快速入门教程,本期我们就来详细教大家在Linux上部署自己的web程序 目录
- 在Linux上部署第一个web项目
如何在Linux上部署第一个web项目(未更新完) 一.向服务器中的数据库添加数据(本篇以Mysql为例) 1.通过SQLyog将项目的数据库中的所有数据表导出为sql文件 2.为服务器上的数据库授权 ...
- [Eureka集群] 在linux上部署SpringCloudEureka的集群服务端(Dalston.SR5版本)
搭配使用 logback日志配置: https://blog.csdn.net/a755199443/article/details/92208902 Eureka单机服务端配置: https://b ...
- 在Linux上部署的项目(iwebshop) 不能打开界面
问题描述:在Linux上部署的php项目(iwebshop)不能打开ui界面,只显示如下: errID:2 errStr:mysql_connect(): Headers and client lib ...
最新文章
- 一款性能调优利器 — 火焰图
- 详解死机的原因和预防方法
- C# List Sort
- 大学开设python课程吗_在大学为什么你一定要学会Python?
- freeRtos学习笔(3)临界区管理
- vue教程3:vue常用指令
- 企业中两个重要而又容易被忽视的角色,互联网营销
- Spring-Cloud中的网关
- python实现自动工作_python实现串口自动触发工作的示例
- 学习方法:提出和解决问题
- GIS-python学习
- 编码器-解码器网络:神经翻译模型详解
- Flask-SQLAlchemy - 不使用外键连表查询。记得常回来看我
- 机械硬盘的改进想法:一臂多头
- m3u8视频通用下载器
- 百度SEM/SEO关键词批量自动分词工具
- 生成带参数微信公众号二维码
- Unity敌人的AI
- 6阶子群同构于s3或者z6_近世代数复习题
- 2022年虎年新春致地球上全体读者朋友们的一封书信