config文件的编写

参考资料：
官网
github的template
Getting started with BIDS, fMRIPrep, MRIQC_Saren Seeley
PDF文档

1.对应放置路径：code/

官网样本：

{"descriptions": [{"dataType": "func","modalityLabel": "bold","customLabels": "task-rest","criteria": {"SidecarFilename": "006*","ImageType": ["ORIG*", "PRIMARY", "M", "ND", "MOSAIC"]}},{"dataType": "anat","modalityLabel": "T2w","criteria": {"SeriesDescription": "*T2*","EchoTime": 0.1},"sidecarChanges": {"ProtocolName": "T2"}},{"dataType": "fmap","modalityLabel": "fmap","intendedFor": 0,"criteria": {"ProtocoleName": "*field_mapping*"}}]
}

2.文件的作用：准确找到和筛选DICOM数据并且将其分门别类放在对应BIDS目录结构下；

3.准备工作：利用dcm2bids_helper生成一个帮助文件夹，这里主要用到.json文件中header文件信息中的sidecars信息（For each acquisition, dcm2niix creates an associated .json file, containing information from the dicom header. These are known as sidecars.）

4.criteria
1）匹配模式基于shell-style，例如：
*：匹配任何字符串
？：单字符
可以输入多个条件，但所有条件都必须匹配，保证能够唯一检索到。

5.dataType（mandatory field）
以bids v1.2.0为例，定义六种数据类型：
func ：task based and resting state functional MRI
dwi ：diffusion weighted imaging
fmap ：field inhomogeneity mapping data such as field maps
anat ：structural imaging such as T1, T2, etc.
meg ：magnetoencephalography
beh :behavioral

6.modalityLabel
必填字段，如T1w，T2w，或者dwi，bold等。

7.customLabels
可选填
详细资料参考pdf文档

8.sidecarChanges
可选填

9.intendedFor
可选填
在fieldmap的描述中加入，表示该fmap用于校正的fMRI目标图像。注意：0即第一个，上述例子即对应task-rest_bold.

总结

本篇是config文件的一个简单介绍，主要用于自己记录方便后续查找。内容基本上基于官网描述。.json的文件自己也可以通过脚本文件生成，使用一些例如sublime的文本编辑器最后保存为json格式。
小提醒：再回顾回顾linux的相关命令！

1.11补充！

发现了一个辅助自动整理BIDS格式的不错的软件：Heudiconv！
优点：方便的dicom转nifti格式的工具，介绍的dcm2nii仅提供格式转换，Heudiconv的亮点在于自动组织图像路径，生成结构化的影像数据存储模式——BIDS格式，生成 BIDS 期望的其他文件（例如，CHANGES、dataset_description.json、participant.tsv、README 等）。
参考链接

bids格式数据中config文件的编写相关推荐

ROS中launch文件的编写
ROS中launch文件的编写 launch文件介绍 ROS系统里的组成单位是节点(node),在启动ROS时需要启动所有的node,如果手动一一启动会是一项十分繁琐的事情,因此ROS通过launch ...
导入数据任务（id:373985）异常，错误信息：解析导入文件错误，请检查导入文件内容，仅支持导入json格式数据及excel文件
导入数据任务(id:373985)异常, 错误信息:解析导入文件错误,请检查导入文件内容,仅支持导入json格式数据及excel文件参考文章: (1)导入数据任务(id:373985)异常, 错误信 ...
导入数据任务（id:373985）异常，错误信息：解析导入文件错误，请检查导入文件内容，仅支持导入json格式数据及excel文件...
小程序导入,别人导出的数据库json文件,错误信息如下: 导入数据库失败, Error: Poll error, 导入数据任务(id:373985)异常,错误信息:解析导入文件错误,请检查导入文件内容 ...
电力系统励磁涌流有关的问题分析。可以通过MATLAB中m文件便编写产生励磁涌流
电力系统励磁涌流有关的问题分析. 可以通过MATLAB中m文件便编写产生励磁涌流,也可以通过simulink仿真出励磁涌流. 可以仿真分析影响励磁涌流的因素,以及抑制励磁涌流的措施. 可以研究识别励磁 ...
Ajax 发送json格式数据以及发送文件(FormData)和自带的序列化组件: serializers
前后端传输数据的编码格式(contentType) get请求数据就是直接放在url?后面的 url?usernmae=junjie&password=123... 可以向后端发送post请求 ...
linux中config文件怎么打开,CONFIG 文件扩展名：它是什么以及如何打开它？
CONFIG 疑难解答打开 CONFIG 文件过程中所遇到的常见问题 Microsoft Notepad 不在你尝试加载 CONFIG 文件并收到错误,例如 "%%os%% 无法打开 C ...
MATLAB中MEX文件的编写与调试
*************************************************** 更多精彩,欢迎进入:http://shop115376623.taobao.com http:/ ...
c++中DLL文件的编写与实现——三步走（2）
我干嘛写这个 (本方法调用方需要.lib .dll) (问的人多了) C++在调用Dll中的函数的时候,如果是企业内部的话,肯定是希望三件套的方式(.h\.lib\.dll).这样做的话,编写方可以 ...
matlab cell向量匹配向量,根据2个cell格式数据中的某二列进行匹配并合并
clear all a=cell(9,4); % a中的第1列为样本id, 第3列为日期 b=cell(6,3); % b中的第1列为样本id, 第3列为日期我想根据a中的第1列对应样本 ...

bids格式数据中config文件的编写

config文件的编写

总结

1.11补充！

bids格式数据中config文件的编写相关推荐

最新文章

热门文章