Linux系统安装开源版PyMOL

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开源哲学

近年来各种禁运威胁大家柚木有目共睹，隔壁泥工（HIT学生自称“窝工”，那我就叫“泥工”得了）的小伙伴都没法用MATLAB参加比赛了。因此，本文安装开源版本（与商业版、破解版划清界限）的PyMOL。

本文是什么

本文是在Linux系统下安装开源版本PyMOL的checklist式教程。

本文不是什么

本文依然不是女装教程。

PyMOL简介

PyMOL是由著名计算机辅助药物设计开发商Schrödinger公司推出的蛋白质可视化软件。作为商业软件，PyMOL分为开源版、教育版、商业版等版本。因为Schrödinger公司也是要恰饭的嘛，所以开源版本在功能上稍有限制。PyMOL开源与商业版本之间的关系，类似于Visual Studio Code与Visual Studio之间的关系。

创建环境

由于PyMOL与chempy等包存在冲突，如果在默认环境下安装太多可能会有冲突的包无异于养蛊。因此创建名为“pymol”的虚拟环境，这样的话PyMOL就与Anaconda基本环境隔离开来了。

source ~/anaconda3/bin/activate root
# 启动Anaconda默认环境
conda create -n pymol
# 创建pymol环境
conda activate pymol
# 启动pymol环境

建议一行一行地输入代码，完成后Terminal终端不要关闭，下一步接着用。

安装PyMOL轮子及依赖

我们在虚拟环境下完成PyMOL及其所需的numpy、mkl、pmw包的安装。

未知原因导致pip未正常部署，因此首先安装pip，然后安装numpy、mkl、pmw。

conda install pip
pip install numpy mkl pmw -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

显然，万恶的资本家Schrödinger公司不会让你轻易拿到开源版本的PyMOL软件。虽然

加州大学尔湾分校提供造好的开源轮子，但提供的whl文件仅适用于Windows系统（我在这里踩过坑）。因此我们需要从头编译。

希望你阅读前看这里

写到这里我发现，相关内容并非我擅长的内容。而且，PyMOL就是实验流程最后一步绘图的，在Windows系统下完成相关工作不好吗？非要折磨自己用Ubuntu。因此本文到此为止，如果读者仍要尝试从头编译，下面的资料足够您完成相关步骤：

CentOS安装免费开源PyMOL的过程

免费开源版PyMOL安装

安装.whl文件出现 is not a supported wheel on this platform.解决办法