薛定谔 | 分子药效团构建

药效团的构建无非两种情况:

1、基于配体小分子结构

2、基于受体-配体相互作用【自动（能量优化）/手动选择药效特征元素】

1. 基于配体小分子药效团构建

导入*sdf配体集，用ligprep模块对小分子处理；
在table面板中加入小分子活性数据；
选择Develop Pharmacophore Hypothesis模块

在左侧需要提前选中所有的配体分子

上图中Pharmacophore method部分有两个选项，第一个选项是程序对输入的配体集进行自动叠合，这种情况下默认是没有进行构象搜索，因此当选中第一个后，页面下方产生构象的选项可以勾选。第二个选项意思是这些小分子是预先叠合好的，因此它们就不能再进行构象搜索，否则会对预先叠合结果产生影响，因此当选中第二个选项后，页面下方产生构象的选项就无法勾选。

点击上图中的Define...

点击Hypothesis Settings...

点击Options...，设置每个配体分子产生构象个数。

2. 基于受体-配体相互作用

基于受体-配体复合物产生药效团和第一种情况类似，但需要对复合物进行预处理。

如果在Method部分勾选了Manual，则需要在Choose features部分勾选你认为合理的药效团特征。如果在Method部分勾选了Auto(E-Pharmacophore)，那么药效特征元素的选择则由程序代劳。

点击Hypothesis Settings...

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