薛定谔 | 小分子叠合

所谓分子叠合就是将同一种分子不同构象移动到一起，使得二者整体保证原子的叠合。这类操作之后往往会有一个RMSD的指标用于衡量这两个分子之间的空间相似度。数值越小，二者差异越小。蛋白、核酸的分子叠合很多软件都可以做，也很方便做。但小分子之间的叠合却不是件容易的事儿，一方面对于小分子的叠合多数情况下都是不同分子，二者可能仅仅只具有相似的分子骨架，而原子数、原子类型等都存在较大差异，这个时候让程序自行寻找原子对应关系，显然强人所难了。如果能够人为指定两个分子中各原子对应关系那么该问题就迎刃而解了，好在薛定谔提供了这项功能支持。

1. 将需要叠合的分子在工作区同时显示

2. 调整两分子间的位置（为方便观察）

切换成移动模式后，鼠标右键拖动分子

3. 分子叠合（原子对叠合）

选择Superposition...模块

点击pick选项后，在视图界面选择原子对（自定义对应关系）。在选择原子对之前需要将鼠标选择模式改为选择原子模式（如下图）。

点击Superimpose Structures执行叠合。

如下图所示叠合结果，RMSD: 0.0546

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