TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

2024-05-28 01:15:47

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蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一，在TCGA项目中，广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phase protein arrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。

通过该芯片，能够有效分析多种标记蛋白在样本中的表达量及其变化趋势，是一种经济高效的肿瘤蛋白质组学研究手段。通过整合来自TCGA和几个独立的肿瘤研究项目的RPPA芯片数据，提供了一个肿瘤蛋白质谱数据中心TCPA, 方便科研工作者查看，分析和可视化蛋白质芯片数据。文章发表在nature methods上，链接如下

https://www.nature.com/articles/nmeth.2650

网站链接如下

http://tcpaportal.org/tcpa/

数据分成了下图所示的两个部分

Patient Cohorts用于查看不同肿瘤样本中的蛋白质芯片数据，Cancer Cell Lines用于查看不同细胞系中的蛋白质芯片数据。这两个模块的结构是类似的，以肿瘤样本中的蛋白芯片数据为例，分成了4大模块

1. summary

这部分展示不同肿瘤中包含的样本个数，蛋白质种类等信息，示意如下

2. My protein

这部分可以查看RPPA芯片上的所有标记蛋白在不同肿瘤中的表达情况，以箱线图进行展示，示意如下

3. Analysis

这部分展示蛋白芯片的数据分析结果，包含了以下3种分析内容

Correlation Analysis
Differential Analysis
Survival Analysis

Correlation Analysis表示两种蛋白间的相关性，结果示意如下

Differential Analysis表示差异分析，结果示意如下

Survival Analysis表示生存分析，结果示意如下

4. Visualization

包含了以下两种可视化方式

Network Visualization
Heatmap Visualization

该网站的数据是可以免费下载的

勾选自己需要下载的数据集即可。通过该网站，可以方便地对TCGA的蛋白质芯片数据进行挖掘。

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