转录组测序（质控、比对、计数）

测序文件下载：

通过NCBI中的SRA搜素物种名称，获得相应的转录组数据链接，找到自己需要的数据

文件下载：推荐迅雷

Linux系统安装软件：

conda（万能conda，安装方式自行百度）

conda install sratools

1.1 SRA转fastq：

fastq-dump --gzip -I --split-3 SRR编号

如果为双末端测序，则出现两个文件

1.2 测序数据信息统计查看（fastqc）

conda install fastqc

fastqc -t 12 -o out_path sample1_1.fq sample1_2.fq

t 为线程数，-o 为输出目录，后面为样本1，样本2的测序文件

注意：如果有接头，需要过滤，通常fastp或者Trimmomatic

1.3 质控：

conda install fastp

单末端测序：

fastp -i xxx.fastq.gz -o xxx.fastq.gz

其中i为input文件，o为output文件

双末端测序

fastp -i xxx_1.fastq.gz -I xxx_2.fastq.gz -o xxx_1clean.fastq.gz -O xxx_2clean.fastq.gz

例如： fastp -i SRR6375815.1_1.fastq.gz -I SRR6375815.1_2.fastq.gz -o SRR6375815.1_1clean.fastq.gz -O SRR6375815.1_2clean.fastq.gz

用小写-i和-o规定R1文件，用大写的-I和-O规定R2文件

1.4 比对（hisat2）

conda install hisat2

建立基因组索引：

hisat2-build xxx.dna.primary_assembly.fa /data/genome 1>hisat2-build.log 2>&1

例如： hisat2-build /gss1/home/reference/cucu.fa /gss1/home/genome 1>hisat2-build.log 2>&1

其中：
xxx.dna.primary_assembly.fa 是指我们的基因组序列
/data/genome 是指我们生成的参考基因组放置的位置和前缀
1>hisat2-build.log 2>&1 是指生成的日志文件和报错文件存入hisat2-build.log里面

单末端测序文件：

hisat2 --new-summary -p 2 -x ../data/genome -U xxx.fq.gz -S xxx.sam --rna-strandness R 1>xxx.log 2>&1

双末端测序文件：

hisat2 --new-summary -p 2 -x ../ref/genome -1 xxx.fq.gz_1 -2 xxx.fq.gz_2 -S xxx.sam --rna-strandness RF 1>xxx.log 2>&1

其中
-p 是指线程数，可以根据具体条件自己调节
-x 是指我们之前构建的参考基因组的位置和前缀
-1 是指样本的R1文件
-2 是指样本的R2文件
-S 是指输出文件的名字和格式，一般使用sam格式
–rna-strandness 是指链特异性测序，在双末端测序中使用 RF 参数

1.5 整理和排序

conda insatll samtools

samtools view -S SRR6375805.sam -b > SRR6375805.bam

samtools sort SRR6375805.bam -o SRR6375805._sorted.bam

samtools index SRR6375805._sorted.bam

比对效率：samtools flagstat -@ 8 HISAT2.bam

1.6 reads 计数

featureCounts -p -a 2.gtf -o counts.txt SRR6375805_sort.bam

gtf为参考基因组的注释文件，可以用gffread 将gff3格式进行转换，这一步消耗多的内存

转录组测序（质控、比对、计数）相关推荐

非链特异性转录组测序
非链特异性转录组测序转录组(transcriptome)在广义上是指细胞内全部转录产物的集合,狭义上是指细胞中所有转录本(mRNA)的集合.转录组测序通常来说是指依托于高通量测序平台对细胞中的mRN ...
掌握三代全长转录组测序，看这一篇就够了！
"三代转录组"是什么?对于混迹在科研领域的一员,如果现在还不了解全长转录组测序,恐怕都不好意思说自己了解高通量测序了呢! 今天小编总结了一些三代全长转录组测序的相关问题,给大家来一 ...
易基因-单细胞甲基化测序单细胞转录组测序
大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因. 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序高通量单细胞DNA甲基化测序简介单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术, ...
易基因单细胞转录组测序（smart-seq2）｜技术推介
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因.今天跟大家介绍一下易基因的新产品:单细胞转录组测序(smart-seq2). 时下火热的10X Genomics公司Chromium解决方案 ...
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程（二）——python(scanpy)
Seurat 单细胞转录组测序数据分析教程(二)--python(scanpy) 文章参考至scanpy官网,做了一个更详细的解读. 数据由来自健康捐赠者的 3k PBMC组成,可从 10x Geno ...
二代三代转录组测序分析实战班
本文原创"生信宝典"公众号,作者陈同. 转录组大家都很熟悉了,我们之前也有几篇介绍: 转录组分析的正确姿势 39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版) ...
全长转录组测序在植物中的应用研究进展赵陆滟，曹绍玉，龙云树，张应华，许俊强
基因组和转录组测序是生命科学领域的基础性工作［1］.高通量测序技术正向着高通量.低成本.长读取长度的方向发展.一代［2-3］ .二代［4-7］测序技术,加快了高通量测序时代的到来,也从单个基因位点的 ...
转录组测序和RNA-seq
转录组测序和RNA-seq是一样的,他们的关系zhi如下: 转录组测序的方法很多,而RNA-seq是当zhuan前转录组测序的一种测序方法,又称为二代测序,包括454,solexa等. RNA-seq ...
转录组测序技术和结果解读（二）——文库构建和测序策略
文库构建转录组测序文库是以样本的Total RNA为基础,从中提取mRNA构建测序文库,因此文库构建包括mRNA富集和碎片化.mRNA反转录.接头添加和PCR富集等过程. 文库构建流程 mRNA富集 ...
RNA-seq最新利器——全长转录组测序
RNA-seq最新利器--全长转录组测序 1.三代测序技术PacBio SMRT Sequencing 2005年以来,转录组测序和研究的主流是基于NGS,即所谓的二代测序技术,虽然二代测序技术极大地 ...

转录组测序（质控、比对、计数）

转录组测序（质控、比对、计数）相关推荐

最新文章

热门文章