SMART:蛋白质结构域数据库

2024-04-09 23:26:31

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SMART是蛋白结构域的数据库，该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息，覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。官网如下

http://smart.embl-heidelberg.de/

该数据库有以下两种模式

normal
genomic

normal模式下包含了所有uniprot, ensembl的蛋白质信息，这些蛋白序列是存在冗余的，genomic模式下只包含了拥有完整蛋白质组的物种的信息。

两种模式可以通过SETUP菜单进行切换，通过颜色可以辨别所处的模式，示意如下

通过右上角的Search SMART按钮，可以检索该数据库，支持以下蛋白名称和domain两种检索方式。

输入uniprot或者ensembl 数据库中的蛋白ID进行检索，示例如下，根据uniprot数据库中的蛋白IDC1S_HUMAN进行检索

http://smart.embl-heidelberg.de/smart/show_motifs.pl?ID=C1S_HUMAN

检索页面包含如下结果

1. domian 结构图

从图中，可以看出，该蛋白质包括以下5种domain

CUB
EGF_CA
CCP
Tryp_SPc

还提供了每个结构域的位置信息

2. 蛋白质相互作用

提供了来自STRING数据库的蛋白相互作用信息，示意如下

3. pathway 信息

提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 两个数据库的通路注释信息，示意如下

4. orthology group 注释

提供了来自eggNOG数据库的注释信息，示意如下

5. 转录后修饰

提供了来自PTM数据库的转录后修饰信息，示意如下

按照domain进行检索，示例如下，根据domian名称CUB进行检索。对于每个domain, 采用SM开头的编号唯一标识，同时提供了和其他数据库的关联信息，还支持下载多序列比对的结果。

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