去，来，最终还是到蛋白质！

PPI ：protein-protein interaction

1. DIP (database of interacting proteins)

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击

Search by:[protein] [sequence] [motif] [article] [pathBLAST] 选项。如果搜索配体-受体相互作用，进入DLRP。

经实验证实的PPI，高度可信

2. BIND (biomolecular interaction network database)

www.bind.ca，http://bond.unleashedinformatics.com/Action? 需要注册。

3.BioGRID  (database of protein and genetic interaction)

http://thebiogrid.org/ 首页可直接search。

4.  I2D

http://ophid.utoronto.ca或http://ophid.utoronto.ca/navigator/index.html

有相互作用网络图

这个试过，写详细些。例如查NF-κB，需要先查到其正式名称，如其一个亚基为nuclear factor NF-kappa-B，然后进入UniProt (http://www.uniprot.org), 查到accession number为P19838（human），粘贴在搜索框即可，用名称搜索也可，但是名称要准确、要全称，拿不准的话还是用accession number好些。结果用选项卡download下载，需要填写e-mail信息，然后系统向e-mail发送链接，用此链接下载文件。文件需用网站的NAViGaTOR软件打开，可从visualization选项卡免费下载，一般选用“For Microsoft Windows”这个版本。

5.  IntAct  molecular interaction database

网址 http://www.ebi.ac.uk

search选项下有ontology search；尚可预测pull down的最佳诱饵蛋白；鼓励在文献发表之前向该数据库直接提交PPI 信息

6. HPRD （human protein reference database）

http://www.hprd.org

只收录人的PPI，来源于文献挖掘的最大的人PPI数据库，有PTM(翻译后修饰)、亚细胞定位、结构域等信息。点击query进入搜索。

有PhosphoMotif Finder ，在http://www.hprd.org/PhosphoMotif_finder。

信号通路，在NetPath，http://www.netpath.org/。

7. MINT (molecular interaction database)

http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/index.html 或 http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do

主要储存哺乳动物的PPI，包括人、大鼠、小鼠等物种。

8. PSIMAP (Prostein Structural Interactome Map)

http://psimap.org

9. STCDB （Signal Transduction Classification）

信号转导分类信息。http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/stcdb/

尚有其他工具： Genome Comparison，alignments，Primer Design，RNA Studio，Evolutionary Relationships

RNA Studio下的工具（选）： KnotInFrame —— Prediction of -1 ribosomal frameshifts

Locomotif —— RNA motif search

paRNAss —— predict conformational switching in RNA

pKiss —— secondary structure prediction including kissing hairpin motifs

RapidShapes ，RNAhybrid， RNA Movies等。

蛋白质相互作用在线预测

http://bi.snu.ac.kr/pie/

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