使用KOG数据库进行注释

进行KOG注释的方法和COG一致。对真核生物使用KOG注释：

$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/KOG/kyva

$makeblastdb -in kyva -dbtype prot -title kog -parse_seqids -out /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog -logfile /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog.log

$cat /opt/biosoft/ncbi-blast-2.2.28+/db/kog.log

然后，使用Blastp将基因组蛋白质序列比对到COG数据库

$blast.pl blastp kog proteins.fasta 1e-5 4 kog 5

$blast.pl blastp kog proteins.fasta 1e-5 4 cog 5

下载KOG数据库的koghefun.txt文件。kog文件包含KOG编号和KOG数据库中序列名的对应关系，也包含KOG编号和25个大类的对应关系；fun.txt是25个大类的描述性信息。我们根据这2个文件的信息来编写程序对Blast的结果进行处理，得到KOG注释。

$mkdir ~/bin/kog

$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/whog -P ~/bin/kog

$wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG/fun.txt -P ~/bin/kog

$kog_from_xml.pl kog.xml 1e-5

使用KOG数据库进行注释相关推荐

在线作图|FAPROTAX数据库在线注释
FAPROTAX数据库在微生物多样性分析中,FAPROTAX数据库是常用的群落功能注释数据库.FAPROTAX数据库是Louca等人根据已发表的文献手动构建的数据库,目前收集自4600多个原核微生物 ...
Rafy 框架 - 为数据库生成注释
当开发者使用 CodeFirst 开发模式,编写了大量的实体类,在代码中编写了完整的类型注释和属性注释,并自动生成数据库后,往往需要把实体类型和实体属性上的注释同时生成到对应的数据库表及字段上.这样, ...
mysql数据库名词术语_【千寻】MySQL数据库名词注释(持续更新)
该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼 MySQL 数据库名词注释↓ account = 帐号数据库 my = 角色信息数据库 mysql = mysql用户数据库 account+my这两个数 ...
烈焰部分数据库表注释说明
烈焰部分数据库表注释说明 account_data 用户数据库(无法修改) account_forced_permissions 账户强制许可(不明白) achievement 成就 achievem ...
mysql数据库的注释语句是_coding++ ：MySQL 使用 SQL 语句查询数据库所有表注释已经表字段注释...
1.要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /*查询数据库 'mammothcode' 所有表注释*/SELECT TABLE_NAME,TABLE_COM ...
达梦数据库中注释的使用
在管理规模较大的数据库时,我们往往需要面对大量的表与视图,与此同时在表与视图中可能会存在着许多的字段,让人难以迅速分辨,不利于对于数据库对象的管理.除了在命名时,对于有意义的表.视图及列,应尽量赋予具 ...
MySQL注释形式_可执行注释语句（/*!...*/）_数据库注释_数据库脚本注释_SQL脚本注释格式_SQL脚本注释分类
文章目录单行注释多行注释可执行注释为什么要把可执行的 SQL 语句写在注释里面呢? 注释示例导入数据时禁止/激活索引测试禁止索引再导入数据的效率单行注释 SELECT * from tf ...
mybatis-generator自动生成数据库字段注释，类注释
重写CommentGenerator接口 package com.example.mybatisgenerator.generator;import org.mybatis.generator.api ...
MySQL数据库：注释及数据类型
注释 /* 多行注释 */ # 单行注释 -- 单行注释(注意:两个但横线后面必须加空格) 数据类型 1.整形 tinyint.smallint.mediumint.int.bigint 小整 ...

使用KOG数据库进行注释

使用KOG数据库进行注释相关推荐

最新文章

热门文章