在线作图|FAPROTAX数据库在线注释

FAPROTAX数据库

在微生物多样性分析中，FAPROTAX数据库是常用的群落功能注释数据库。FAPROTAX数据库是Louca等人根据已发表的文献手动构建的数据库，目前收集自4600多个原核微生物的80多个功能分组7600多条功能注释信息，并且现在仍在持续更新。FAPROTAX数据库在注释海洋湖泊生物化学过程（硫、氮、氢和碳循环）中的功能、土壤微生物的功能等等应用较多且效果不错。

TUTU云工具使用

TUTUCLOUD网站提供在线实现FAPROTAX数据库功能注释的工具，并通过柱状图的形式展示其可视化成果。操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到FAPROTAX，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

Step 1：上传数据

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表等等)；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU、基因ID、代谢物名称等，最后一列必须添加taxonomy；
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

Step 2：调整参数

2.1 绘图类型：目前平台提供柱状图的绘图类型
2.2 自定义标题、横/纵坐标：按需自行设置
2.3 柱状图类型：fill、stack
2.4 绘图数量：绘制的元素数量
2.5 是否绘制others：others表示剩余元素的合并
2.6 柱宽度、横/纵坐标字体大小、图例大小、横坐标字体旋转及图片DPI（图片像素）等：按需自行设置

Step 3：下载文件

根据个人需求进行参数调整后点击运行，平台提供PDF文件以及表格下载。

Step 4：作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。图形处理软件和使用方法可扫描文后的二维码添加小编获取。

写作建议

XXXX analysis was performed on Tutools platform (http://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website.
尊敬的用户，如果图图云平台在您的科研中有幸提供了些许帮助，我们期望您能在方法学或者致谢中提及我们，引用方法如下：XXXX analysis was performed on Tutools platform (https://www.cloudtutu.com), a free online data analysis website. 目前平台还处于测试阶段，使用过程中有任何疑问或者报错欢迎随时联系小编反馈。您的反馈和建议是我们最大的动力~

在线作图|FAPROTAX数据库在线注释相关推荐

在线作图|2分钟在线绘制三维CCA图
三维CCA 典型相关分析(Canonical Correlation Analysis)是研究两组变量之间相关关系的一种多元统计方法,它能够揭示出两组变量之间的内在联系.冗余分析(redundanc ...
在线作图|2分钟在线绘制RDA图
三维RDA RDA分析(Redundancy analysis),即冗余分析,对比主成分分析可以发现,其实冗余分析就是约束化的主成分分析.冗余分析(redundancy analysis, RDA)或 ...
在线作图|两分钟在线做中性群落模型分析
中性群落模型中性理论是过去十年中生态学核心理论的重大突破之一.中性理论考虑同域的竞争相似资源的营养相似物种.完全抛弃了如竞争优势等物种特性,甚至认为不同物种是功能等值的.模型假设群落中所有种有关这些 ...
【生信】KEGG数据库在线使用
KEGG数据库在线使用 KEGG简介 KEGG是一个整合了基因组.化学和系统功能信息的数据库.把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞.物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数 ...
高颜值可定制在线作图工具-第二版
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2017/12/ImageGP/ 生信宝典推出之前推出了一系列画图相关文章,包括多种形式的热图.线图.柱状图.箱线图.泡泡图.韦恩图 ...
在线作图|如何绘制一张哑铃图
哑铃图哑铃图(Dumbbell plot)是展示数据差异的可视化图表之一.当样本个数为两个时,图形类似哑铃,同时它也用来绘制多个样本,类似于多个"哑铃"的节点连接.哑铃图在生信分 ...
在线作图|差异柱状图（组内）
组内差异柱状图柱状图又称条形图,是一种以长方形的长度为变量的统计图表,用来比较两个或多个的含量或者丰度(不同时间或者不同条件),只有一个变量,通常利用于较小的数据集分析.在生信数据分析中,比较组间差 ...
在线作图|如何绘制一张三元相图
三元相图三元相图即三元系统的相图,三元系统是包括三个独立单元的系统.三元相图有三个变量,且三个变量之和为常数,常以一个等边三角形坐标系中的某点来表示三个变量之间的比例关系.等边三角形内任意一点到三角 ...
在线作图|2分钟绘制一张箱线图
箱线图(Box plot) 箱线图(Box-plot)因形状形如箱子而得名,是一种用作显示一组数据(如连续变量)分散情况资料的统计图.箱线图主要用于反映数据分布的特征,揭示数据间离散程度.异常值.分布 ...

在线作图|FAPROTAX数据库在线注释

在线作图|FAPROTAX数据库在线注释相关推荐

最新文章

热门文章