linux下kegg注释软件,科学网—生物信息——kegg分析的kobas软件的安装与使用 - 孙朋川的博文...
关于kegg的ko和K的分析,本以为可以通过interproscan来获取,谁知跑出来的结果只涉及新陈代谢,不能使用。最终还是使用北大开发的kobas做的kegg分析。
关于kobas的简介,这里有网址http://kobas.cbi.pku.edu.cn/help.do ,这个网址支持在线分析,不过对于gene数目大于500的,就不支持了。需要后台运行,kobas。当然,他们的服务器是可以外租的,具体价格我不清楚。如果你有一台linux系统,我建议你还是自己安装上比较好。
从http://kobas.cbi.pku.edu.cn/download.do 这个页面,可以下载安装。里边的installation 里边有具体的安装需要的配置和安装命令。依照给出的命令,大部分可以直接安装。不过,我在安装过程中,遇到两个小问题,大家可能会遇到,具体碰到的问题如下。问题1 R的安装。网上给出的linux的R安装,好多是不完全正确的,因为我们后边需要安装rpy2,即需要用python调用R语言,需要R自己编译出path-to-R/lib/libR.so libRblas.so、libRlapack.so库,所以,在安装R的时候,需要添加--enable-R-shlib 。安装完成后,在/etc/profile 中添加R的路径,具体需求如下
export R_HOME=/usr/local/R-3.2.1/lib64/R
export R_LIBS=$R_HOME/lib64/R/library
export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$R_HOME/bin:$PATH
保存后,source /etc/profile ,然后在命令窗口输入R,查看R的第一行,是否有R_HOME不识别的问题。如果出现warning,很有可能是R_HOME的路径不对,进入R环境,输入 Sys.getenv("R_HOME") 检查是否一致,不一致修改一下就好了。
然后安装rpy2,输入pip install rpy2,如果安装没有任何报错,就说明安装好了。
后边其他的安装就比较简单了。就不介绍了。
具体怎么运行,在scripts下边./annotate.py -help 就会有提示了。
如果我说的不对,或者没解决你的问题,就留言吧!
转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自孙朋川科学网博客。
链接地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-1325061-961859.html
上一篇:生物信息——windows下的perl环境的配置
下一篇:Interproscan的安装与使用
linux下kegg注释软件,科学网—生物信息——kegg分析的kobas软件的安装与使用 - 孙朋川的博文...相关推荐
- linux 添加隐藏用户登录,科学网—CentOS 7 在登录界面用户列表中隐藏指定账号 - 乔磊的博文...
计算机中有多个账户,不想禁用用户列表,也不想全显示. 网上搜到的一些办法又不适用于CentOS 7. 最后找到下边这个办法,记在这里. 参考:https://wiki.archlinux.org/in ...
- linux中怎么卸载gamit,科学网—Windows下自带Linux使用GAMIT问题 - 陈超的博文
1.安装略微变化 sudo apt-get update sudo apt-get install gcc sudo apt-get install gfortran sudo apt-get ins ...
- linux 找不到g09,科学网—如何在非用户目录下安装高斯 g09 - 陈照强的博文
在终端中输入:echo $GAUSS_SCRDIR看看是空的还是有路径 如果是空的,那么就说明你没设置这个变量,这样的话临时文件会写在和输入输出文件相同的目录下.如果你设置了这个变量,那么请保证你设置 ...
- Linux中autoduck批量对接,科学网—用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 - 杜文义的博文...
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Autodock分子对接教程 First release:2017-12-20 Last update: 2018-07-24 Au ...
- linux去重文件第一列,科学网—Linux实用命令 - 刘洪波的博文
1.查看系统访问日志(实时) tail --lines=100 -f /var/log/secure 2.按列合并文件 paste file1 file2 >combind.txt 3.按行合并 ...
- linux的xmgrace无法运行,科学网—安装xmgrace - 林绪波的博文
安装xmgrace 如果不接触GROMACS我不会知道有一个类似于origin的LINUX下作图的软件――xmgrace 下载地址(可自行搜索)http://plasma-gate.weizmann. ...
- nvidia显卡linux 7.2,科学网—悲喜录:服务器 CentOS 7.2 安装Nvidia显卡驱动(64bit) - 袁伟的博文...
先来一段网络上的安装步骤: ---------------------------------------------------------------- CentOS 7.0 Nvidia显卡安装 ...
- linux搭建个人网盘,Linux下使用nextcloud搭建个人网盘
市面上有那么多的网盘服务提供商,为什么还要自己搭建网盘呢?主要有以下原因: 免费的网盘都有种种限制,要么不限速容量小(onedriver,google driver),要么容量大限速(百度云) 付费网 ...
- linux中硬链接文件,科学网—Linux:文件的符号链接和硬链接 - 刘洋洋的博文
参考:中国大学MOOC课程<Linux系统管理>,授课教师:颜晨阳. 推荐阅读: t.cn/RLXkhpc 1 符号(symbolic)链接 与Windows的快捷方式很像,这些文件很小, ...
最新文章
- jquery 使用小技巧
- 修改自动生成get/set方法模板代码
- win8计算机安全模式,Win8.1怎么进入安全模式 两种进入Win8.1安全模式方法介绍
- AT91SAM9XEK ramdisk 启动笔记
- 移动app测试之怎么避免bug漏测
- k66 pit计时功能配置_PIT,JUnit 5和Gradle –仅需额外的一行配置
- java小程序小游戏代码贪吃蛇,附高频面试题合集
- ios textView显示不全
- 设计模式—结构型模式概述(思维导图)
- 【Django 2021年最新版教程30】ubuntu中停止和重启django项目
- C语言函数指针和指针函数的定义和调用
- 发论文为嘛这么难?灵魂画手扒一扒“同行评审”那些事
- 陈省身文集53——大范围微分几何若干新观点
- 008_生成设备节点
- R语言(三) 你是我唯一的光 | 基于《白夜行》的文本可视化分析
- 利用阿里云下载国外镜像,国内顺畅下载k8s.gcr.io的镜像
- 微信小程序开发语言(微信小程序开发教程)详细步骤
- 《Linux系统管理与应用》课程知识点整理+书后习题全文解答(Linux知识点大纲)
- 微信小程序时间戳转换为日期
- ipynb转python(.py)