RDKit | 处理RDKit分子Mol对象
Mol对象的组成
由于Mol对象是分子,因此它们自然是由原子组成的。分子是通过原子间键的形成而形成的。
导入库
from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
print('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))
rdkit version: 2019.09.3
载入数据
suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20200114172835.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols)
Atom对象
Mol.GetAtoms()
Mol.GetAtomWithIdx(idx)
for mol in
RDKit | 处理RDKit分子Mol对象相关推荐
- RDKit | 基于RDKit的肽和核酸序列转换分子Mol对象
RDKit文档中MolFromHELM(),从HELM字符串构建分子(当前仅支持肽) ".另一方面,正如GitHub问题中指出的那样,除了肽之外,实际上还可以从核酸序列创建Mol对象. 导入 ...
- rdkit 力场优化UFFOptimizeMolecule、MMFFOptimizeMolecule;chem3D 3D分子生成;获取分子坐标对象
rdkit 力场优化UFFOptimizeMolecule.MMFFOptimizeMolecule 参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/82588052 https:// ...
- RDKit中的分子3D构象生成
RDKit中的分子3D构象生成 一.构象生成算法概述 1.基于距离 2.基于知识 二.代码实现 1.添加氢原子 2.距离几何算法生成3D结构 3.距离几何+ETKDG生成3D构象 一.构象生成算法概述 ...
- rdkit、mordred分子描述计算molecular descriptors、Lipinski
参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/349670859 https://github.com/gashawmg/molecular-descriptors/blob/ma ...
- RDKit | 基于RDKit和Cytoscape绘制分子相似图
化学信息学中有许多网络结构化数据.例如分子,分子相似图和MMP等. Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件 基于RDKit和Cytoscape绘制分子的相似图. py2cytos ...
- RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES
一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象,并计算出该分子的描述符,用于机器学习. 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw fro ...
- RDKit | 基于RDKit的SMILES转canonical SMILES
基于RDKit的SMILES String转canonical SMILES String 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw ...
- RDKit | 基于RDKit的PandasTools加速数据分析
从RDKit的基本用法中看到了化学信息学中使用的各种概念.大多数情况下,流程中处理的化合物数据存储在列表或字典类型变量中,该变量是python或numpy数组的基本数据类型. 另一方面,在使用pyth ...
- RDkit |基于RDkit计算PBF(Plane of Best Fit)描述符数值
写在前面: 本人是一个药学研究生小白,这是第一次将平时遇到的以及学习的部分知识进行记录整理,如若觉得写的内容不通顺等还希望能理解,如果感觉有错误欢迎批评指正,谢谢! 关于RDKit RDKit 是 ...
- RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学
基于RDKit绘制带原子和键的索引.注释和立体化学 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Dra ...
最新文章
- 少年郎,你为什么没有对象?是缺点“土味情话”
- mybatis结合log4j打印SQL日志
- 数据结构与算法——AVL树类的C++实现
- 网站优化之关键词优化
- NIO和Reactor
- hadoop使用lzo压缩文件笔记
- win10远程桌面连接ubuntu18.04
- Android闹钟动画,学习Android闹钟源代码(三)-AlarmClock类分析(part1)
- 计算机操作系统(6):练习题
- springBoot+mybaits+达梦数据库
- 制度化规范化标准化精细化_管理技巧:为什么说企业制度化管理势在必行?好处太多了...
- MyBatis传入参数为0时条件不生效
- wpsppt流程图联系效果_wps幻灯片怎么制作流程图
- 国家机关可免费使用百会办公门户一年
- 非线性微分方程 matlab,用ODE45求解Matlab中微分方程的非线性系统
- python多层bp网络_多层bp神经网络 python
- Adobe 全家桶系列卸载工具
- 202109青少年软件编程(Python)等级考试(五级编程题)
- 基于QT实现的图形软件图片编辑器
- 我今天人品大爆发啊,赚了299美元