RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES
一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象,并计算出该分子的描述符,用于机器学习。
导入库
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
IPythonConsole.ipython_useSVG = True
载入数据
peptide_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))
print(peptide_smiles)
N=C(N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O
绘制多肽
peptide_mol = Chem.MolFromSmiles(peptide_smiles)
peptide_mol
绘制带原子索引的多肽
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