科普任重而道远：生物信息为什么要学 Linux？

前面写了一篇生信人的自我修养：Linux 命令速查手册，有朋友觉得是为 IT 人员准备的。

科普任重而道远，我还是用这篇文章解释一下吧。

两个方面的需求：

数据处理
服务器运维

数据处理方面的需求

1. 首先是必要需

生物信息学是真正的大数据专业，对计算资源要求较大，很多时候需要在服务器上分析数据，而 Linux 是最常用的服务器操作系统。

比如一个基因组组装，需要 1 T 内存，20 T 硬盘，你很容易就排除掉了 Windows 和 Mac 系统了是吧。

2. 其次是好用

Linux 为生产而生，所以在上面做数据分析肯定是很好的。Linux 有很多现成的小工具可以直接使用，比如 grep, sed, awk，非常方便。另外也可以写脚本自动化执行许多重复性的工作，这些都是 Windows / Mac 平台没法比的。

3. 行业共识

鉴于以上两个原因，行业逐步达成了共识。人才往这方面培养，软件往这方面开发。

人才方面，生信专业从考研开始，就要考 Linux 基础知识。

软件方面，很多生信软件优先开发 Linux 版本，甚至只有 Linux 版本。

服务器运维方面的需求

愉快的大学生活就要结束了，你反复考虑，决定要读研。经过一段时间的挑灯夜战，终于考上生物信息研究生。进入实验室后。。。

你：老板，搞数据分析需要服务器啊。

老板：这是 5 万块。

然后你去电脑城，弄了台 5 万块的服务器，开始搞分析。第二年，师弟师妹来了。。。

师弟师妹：老板，服务器不够用。

老板：这里还有 5 万块。

然后你和师弟师妹一起又去电脑城搞了台服务器。几年下来，已经有 4、5 台服务器了，总不能为每一位同学都配一台吧。

于是如何充分利用现有的计算资源，就成为了当务之急。

大家上网苦苦搜索，发现一个叫做 SGE （Sun Grid Engine）的东西，可以把几台零散的服务器组成一个集群，用户使用这个集群的所有计算机，就像使用一台一样。

这个光荣而艰巨的任务，当然由你来干。集群弄好了，加个账户、添块硬盘、排下错误，于是你久病成良医，硬把自己折腾成了一个运维人员，要转行也是分分钟的事。

（以上故事纯属虚构，如有雷同，实属巧合。）

说完了实验室的情况，再聊一聊企业。一般大型的生物信息公司，都有自己的计算集群，有专门的服务提供商（比如荣之联）。此外，如果用阿里、华为这样的云服务器，则运维的事情会少很多。

写在最后

Linux 对于生信来说，运维不是刚需，但使用是刚需。生物信息学如何快速入门 Linux，请移步到下面这篇文章。

生信人的自我修养：Linux 命令速查手册

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