MIMIC-III数据库安装（Ubuntu ）

1.环境
2.安装postgres9.5
- 2.1安装postgres
- 2.2设置postgres账号密码
- - 2.2.1修改PostgreSQL数据库默认用户postgres的密码
  - 2.2.2修改linux系统postgres用户的密码
- 2.3修改postgres认证方式
3. 准备数据库文件和脚本
4.安装数据库
5.新建只读账号
6. 开放远程访问链接（密码访问即MD5）
参考资料

1.环境

Ubuntu 16.04.3 LTS
Postgres9.5
MIMIC-III cvs.gz 数据文件下载见官网

2.安装postgres9.5

2.1安装postgres

apt-get install postgresql

2.2设置postgres账号密码

2.2.1修改PostgreSQL数据库默认用户postgres的密码

PostgreSQL数据库创建一个postgres用户作为数据库的管理员，密码随机，所以需要修改密码，方式如下：

步骤一：登录PostgreSQL

sudo -u postgres psql

步骤二：修改登录PostgreSQL密码

ALTER USER postgres WITH PASSWORD 'postgres';

注：
密码postgres要用引号引起来
命令最后有分号

步骤三：退出PostgreSQL客户端

\q

2.2.2修改linux系统postgres用户的密码

PostgreSQL会创建一个默认的linux用户postgres，修改该用户密码的方法如下：

步骤一：删除用户postgres的密码

sudo  passwd -d postgres

步骤二：设置用户postgres的密码

sudo -u postgres passwd

系统提示输入新的密码

Enter new UNIX password:
Retype new UNIX password:
passwd: password updated successfully

2.3修改postgres认证方式

修改认证方式

vim /etc/postgresql/9.5/main/pg_hba.conf

将local all postgres peer 改为 local all postgres md5

重启服务

service postgresql restart

3. 准备数据库文件和脚本

创建文件夹/opt/mimic3
将数据文件cvs.gz 上传至/opt/mimic3/data,修改权限chmod 755 *.gz
下载脚本，在/opt/mimic3下执行

git clone https://github.com/MIT-LCP/mimic-code.git

4.安装数据库

cd /opt/mimic3/mimic-code/buildmimic/postgres
make create-user mimic-gz datadir="/opt/mimic3/data/"

在执行到

COPY 58976
COPY 34499
COPY 7567

时会卡几个小时，此处是在导入CHARTEVENTS表数据，执行完打印

COPY 0

5.新建只读账号

以postgres 登录

psql -U 'postgres';

切换数据库

\c mimic;

创建数据库新用户（mimicuser）

CREATE USER mimicuser WITH PASSWORD '*****';

授权

grant select on all tables in schema mimiciii to mimicuser;
grant usage on schema mimiciii to mimicuser;
grant connect on database mimic to mimicuser;
alter user mimicuser nosuperuser;

6. 开放远程访问链接（密码访问即MD5）

需设置两个配置文件

修改配置文件postgresql.conf,

vim /etc/postgresql/9.5/main/postgresql.conf

修改监听地址:
将#listen_addresses='localhost'改为
listen_addresses='*'

修改配置文件pg_hba.conf：

vim /etc/postgresql/9.5/main/pg_hba.conf

设置所有网段IP可以访问：
添加

#IPv4 myhost connections：
host all all 0.0.0.0/0 md5

重启服务

service postgresql restart

参考资料

Installing MIMIC-III in a local Postgres database
github mimic-code/buildmimic/postgres
修改postgres密码
Linux下安装PostgresSQL-10.1
postgres 创建新用户并授权

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1.环境

2.安装postgres9.5

2.1安装postgres

2.2设置postgres账号密码

2.2.1修改PostgreSQL数据库默认用户postgres的密码

2.2.2修改linux系统postgres用户的密码

2.3修改postgres认证方式

3. 准备数据库文件和脚本

4.安装数据库

5.新建只读账号

6. 开放远程访问链接（密码访问即MD5）

参考资料

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