Postgres安装及MIMIC IV数据库的载入(Windows 10)
Postgres安装及MIMIC IV数据库的载入(Windows 10)
上PostgreSQL官网,选个合适自己电脑的版本,下载,安装,没什么问题;
注意:中间会要求设置密码,记住自己的密码!
接下来是载入MIMIC IV数据库
0. 准备工作
0.1 在载入之前,先搬运一下Postgres的data文件;
默认位置是 C:/Program Files/PostgreSQL/13/data
但是为了以后使用的考虑,还是把它搬到一个容量比较充足的地方比较好;
我搬运到了我的移动硬盘上:H:/Postgres/data
!!!注意,开搬之前先把postgres的服务都停了
搬运完后,改一下注册表中的路径:
开始 > 右键 > 运行 > 输入 regedit > 确定 > 打开\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\postgresql-x64-13
选择ImagePath,将-D后引号内改成自己的目标路径(如图)
0.2 数据的准备
因为MIMICIV的文件太大,解压缩后读取常会出错,所以建议不要解压缩。
从MIMIC官网下载后,解压大的文件包,但不要进一步解压csv文件;
从 http://www.7-zip.org 下载并安装7-Zip;
默认安装路径是C:/Program Files/7-Zip
将该路径写入环境变量:此电脑 > 右键 > 属性 > 高级系统设置 > 环境变量 > 双击 path > 新建 > 将 C:\Program Files\7-Zip 添加到路径中 (具体用 \ 还是 /我也记不清,见机行事吧)
打开一个cmd窗口,输入7z,返回一堆属性(如下图)的时候,就说明安装成功了。
1. 创建DATABASE并连接
打开一个 SQL shell (安装postgreSQL时一起安装的),连续按回车键,直到输入密码(如下图);
--DROP DATABASE IF EXISTS mimic; (之前有创建过的话,先运行这句)
CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;
\c mimic;
2. 创建SCHEMA
CREATE SCHEMA mimiciv;
set search_path to mimiciv;
3. 创建TABLE
MIMIC IV提供了相应的代码,保存在Github上:
https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv-code
(这个网站经常打不开,多试几次)
接下来利用从Github上扒下来的代码创建TABLE
我的保存位置:E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/load.sql
\i E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/create.sql
4. 载入数据
从mimiciv官网上下载的原始数据,初步解压后,得到一堆压缩包,我的数据保存在H:/Postgres/MIMICIV
\set ON_ERROR_STOP 1
\set mimic_data_dir 'H:/Postgres/MIMICIV' --这是原始数据保存的位置
\i E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql
要等好一会,官方说是4-6小时,不过我的笔记本就跑了一个小时左右,嘿嘿~
5. 添加索引
\i E:/GitHub/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql
6. 收工
可以打开pgAdmin (和postgres捆绑在一起下载安装的),欣赏一下数据库;
pgAdmin的窗口做得很好看,也很好上手,Bilibili.com上有比较好的新手学习教程。
参考:https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-windows/
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