宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结
2022年的最后一周,为大家分享一下最近分析meta-transcriptome数据的一些心得吧。首先需要说明一点,我做的是菌株层面 (Strain Level) 的数据分析,
Strain level 是Species level的下一层级的分类;
而宏基因组/宏转录组涉及到菌株分析的内容,主要包括三块:
- SNP Calling, 就是找SNP的意思啦,找出菌株的变异位点,除了SNP,有些软件还能做CNV呢
- Deconvolution of different strains in samples,解析出样品里面的菌株组成,这个其实挺考验软件的能力的(因为,大多数软件是利用已有数据库的代表性菌株的序列/marker gene来做组成鉴定,很少能有软件预测新的菌株组成)
- Relative abundance,这个就是指-对不同类型的菌株在样品中的相对丰度进行定量啦
常见的菌株分析软件
菌株分析软件倒是蛮多的,但是各有各的特点。Frontiers 的一篇综述 ,列了好多款软件出来,当然我并没有所有的软件都去看
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