测序深度和覆盖度(Sequencing depth and coverage)
总是跑数据,却对数据一无所知,这说不过去吧。
看几篇文章吧
Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses(只讲二代)
Assembly of large genomes using second-generation sequencing(参考文献)
Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome assembly of small genomes using next generation sequencing data(二代最佳测序深度:50X)
Large Genome Assembly with PacBio Long Reads(已更新)(纯三代最少50X,二三代联合:任意深度,策略不同)
回答几个问题:
不同的测序(denovo组装、重测序、转录组、外显子、表观),各对数据的深度和覆盖度有什么要求?
二代和三代在测序深度和覆盖度上的要求有什么不同?
four major study designs:
- de novo genome sequencing
- genome resequencing
- transcriptome sequencing
- genomic location analyses (for example, chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP–seq) and chromosome conformation capture (3C))
参考资料:
Question: de novo sequence assembly with extremely high coverage
待续~
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